结论：在中介用残疾证挂靠的情况下，工资的支付主体取决于实际用工关系及合同约定，但需明确的是，这种挂靠行为本身涉嫌违法。具体分析如下：

1. 若存在真实用工关系，工资应由实际用工单位支付
   根据《劳动法》《劳动合同法》规定，工资支付的前提是劳动者与用人单位建立真实劳动关系。若残疾人与公司签订劳动合同、实际接受公司管理并从事劳动，则公司为工资支付主体。此时中介若仅作为介绍方，无权支付工资；若中介参与工资代发，需有公司明确授权且符合财务规范。

2. 若仅为“挂靠”而无真实劳动，可能涉及多重违法

   • 中介行为违法：中介以虚假劳动关系帮助残疾人或企业获取补贴、税收优惠等，涉嫌违反《残疾人保障法》《税收征收管理法》，可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得）甚至刑事责任（如诈骗罪）。
     
   • 工资支付主体存疑：若“工资”实为挂靠费，可能被认定为非法利益分配。此时支付主体可能是中介（若资金由中介直接转付）或公司（若资金从公司账户流出），但无论谁支付，均因行为违法而不受法律保护。
     
   • 残疾人风险：残疾人若明知挂靠仍参与，可能被追缴已获利益，甚至影响后续福利申请（如低保、残疾补贴）。

3. 实务建议

   • 对残疾人：切勿参与挂靠，避免因小失大（如丧失补贴资格、承担法律责任）。若需就业，应通过正规渠道与用人单位建立真实劳动关系。
     
   • 对企业：严禁通过挂靠残疾证规避税费或政策要求，否则可能面临税务稽查、行政处罚及信用惩戒。
     
   • 对中介：立即停止此类业务，否则可能被追究行政或刑事责任。

总结：工资支付主体需以真实劳动关系为前提，但挂靠行为本身违法，无论由谁支付工资均不受法律保护。若您或他人涉及此类情况，建议立即终止并咨询我进一步处理方案。