关于事业单位扣除职工工龄需要履行的程序，这通常涉及到职工工龄的审定或更正，而非直接的“扣除”，因为工龄的变动一般需要基于一定的法定事由和程序。不过，从工龄审定或更正的角度，我可以为您详细解释相关程序，这些程序在本质上与处理工龄变动的情况是相通的。

首先，需要明确的是，工龄的审定或更正通常不是由事业单位单方面决定的，而是需要遵循一定的行政程序和规定。具体来说，如果涉及到职工工龄的审定或更正，一般应按照以下步骤进行：

1. 提出申请：

   • 符合工龄审定或更正条件的职工，应及时向所在事业单位或存档机构提出书面申请。

2. 单位审查与填写表格：

   • 事业单位在收到申请后，应进行审查，并填写相关的工龄审定表或工龄更正表。这些表格通常包括职工的基本信息、工龄变动的原因、依据等。

3. 上级主管部门核查确认：

   • 填写完表格后，需要报上级主管部门进行核查确认。主管部门会对表格中的内容进行审核，确保信息的准确性和合法性。

4. 报人力社保行政部门审核：

   • 经过上级主管部门核查确认后，表格需要按规定报人力社保行政部门进行审核。对于连续工龄审定或更正期限在5年及以下的，由各区、县人力社保行政部门负责；超过5年的，则还需要报市人力社保行政部门复核。

5. 提供原始材料：

   • 在申报办理连续工龄审核手续时，必须提供本人档案、招收录用手续、调动、辞职、辞退、解除劳动关系材料、工资发放单、养老保险缴费凭证等原始凭证原件及复印件。这些材料是审核工龄的重要依据。

6. 审核结果处理：

   • 审核通过后，工龄审定表或工龄更正表应放入职工本人档案。同时，相关花名册等材料也需要留存备查。

7. 特殊情况处理：

   • 如果工龄审定表有涂改或丢失，需要按照相关规定进行核查确认或重新审核。对于机关事业单位辞职、辞退及解除聘用合同人员，还需要提供额外的材料如参保缴费凭证、工资档案等。

针对您提到的“扣除工龄”的情况，如果实际上是指因某种原因（如违纪、旷工等）需要减少职工的工龄计算，这通常不是直接“扣除”，而是可能在工龄审定或更正时，根据相关规定和事实情况，不将某些时间段计入工龄。这种情况下，事业单位应确保有充分的证据和依据，并遵循上述程序进行审定或更正。

重要提示：工龄的审定或更正是一个严肃的法律程序，必须遵循相关法律法规和政策规定。事业单位在处理此类问题时，应确保程序的合法性和公正性，保护职工的合法权益。如果职工对工龄审定或更正结果有异议，可以通过合法途径进行申诉或维权。