两年的年休假失效是否合法，需分情况讨论：
- 一般情况下，年休假不因未休而自动失效
根据《职工带薪年休假条例》第五条：“单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。年休假在1个年度内可以集中安排，也可以分段安排，一般不跨年度安排。单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假。对职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。”
从上述规定可以看出，年休假原则上应在1个年度内安排，但单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排的，可以跨1个年度安排。这意味着，年休假并非必须在当年休完，而是有一定的灵活性。如果单位未安排职工休年休假，且未经职工本人同意，那么单位需要按照职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，而不是让年休假“失效”。
特殊情况下，年休假可能因特定原因而“失效”
- 职工主动放弃：如果职工因个人原因主动放弃年休假，并书面表示不享受当年年休假，那么这种情况下年休假可以视为“失效”。但需要注意的是，这种放弃必须是职工真实意愿的表达，且单位不能以此为由强迫职工放弃年休假。
- 单位已支付报酬：如前所述，如果单位因工作需要不能安排职工休年休假，且已经按照职工日工资收入的300%支付了年休假工资报酬，那么在这种情况下，年休假也可以视为已经“补偿”完毕，即不再存在未休的年休假。
- 超过法定时效：虽然年休假本身不会因时间推移而“失效”，但如果职工就年休假问题与单位发生争议，并寻求法律救济，那么需要遵守劳动争议的仲裁时效规定。根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条：“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。”如果职工在知道或应当知道其年休假权利被侵害之日起超过一年未申请仲裁，那么其仲裁请求可能因超过时效而不被支持。但这并不意味着年休假本身“失效”，而是职工失去了通过法律途径维护其年休假权益的机会。
法律建议：
- 对于职工而言，应了解自己的年休假权益，并在必要时与单位沟通安排年休假。如果单位未安排年休假且未支付相应报酬，职工可以及时向单位提出异议或寻求法律救济。
- 对于单位而言，应合理安排职工的年休假，确保职工能够享受应有的休息权益。如果因工作需要不能安排年休假，应及时与职工沟通并支付相应的报酬，以避免不必要的法律纠纷。
总结：两年的年休假是否失效，取决于具体情况。在一般情况下，年休假不会因未休而自动失效；但在特殊情况下，如职工主动放弃、单位已支付报酬或超过法定时效等，年休假可能被视为“失效”或不再受法律保护。因此，建议职工和单位都应了解相关法律法规，合理安排年休假，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。