结论前置：年休假逾期作废的条款，在未经员工同意的情况下，是不合法的。用人单位应依法保障劳动者的休假权利，合理安排年休假，或在无法安排时给予相应的经济补偿。
详细分析：
法律依据与年休假权利：
- 根据《职工带薪年休假条例》及《企业职工带薪年休假实施办法》的相关规定，连续工作1年以上的职工享有带薪年休假，这是劳动者依法享有的休息休假权益，任何单位不得随意剥夺。年休假原则上应在1个年度内安排，特殊情况下可跨1个年度，但单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，需征得职工本人同意。
年休假未休的处理方式：
- 如果职工因单位原因未能休年假，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。这一规定确保了职工在未能享受年休假时，能够获得相应的经济补偿。
- 若职工书面提出不休年假，且此为其真实意愿表示，单位则只需支付其正常工作期间的工资收入。这种情况下，可以视为职工放弃了年休假权利。
“年休假逾期作废”条款的合法性：
- “年休假逾期作废”的条款，实质上是将劳动者消极的默示行为视为放弃年休假权利的意思表示，这与相关法律规定不符。法律明确规定了年休假未休时的经济补偿方式，并未允许用人单位通过内部规定来剥夺劳动者的这一权利。
- 只有在劳动者以积极的明示方式表示不休年休假时，才能判定其放弃了年休假权利。因此，未经员工同意的“年休假逾期作废”条款，是不合法的。
用人单位的责任与义务：
- 用人单位应严格遵守相关法律法规，合理安排职工的年休假，确保劳动者的合法权益不受侵害。如果因工作需要无法安排年休假或安排天数少于应休天数，应依法支付未休年休假工资报酬。
- 用人单位在制定规章制度时，应确保不违反法律法规的强制性规定，避免因此面临劳动争议和法律责任。
劳动者的权益保护：
- 劳动者应了解自己的年休假权利，并在必要时采取法律手段维护自己的合法利益。如果发现用人单位存在违反法律法规的行为，如未经同意擅自将未休完的年假清零且不支付相应报酬，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
特殊情况说明：
- 如果用人单位已经合理安排了年休假，但劳动者因个人原因未休且未提出异议，此时过期不休作废的做法在一定条件下可能被视为合法且合理。但这种情况需要满足多个条件，包括用人单位已尽到合理安排年休假的义务、劳动者未提出异议等。
建议与总结：
- 用人单位在制定年休假相关规章制度时，应严格遵守国家法律法规，确保员工的休息休假权益得到充分保障。同时，应加强与员工的沟通，明确年休假的安排方式和未休时的处理方式，避免因此产生劳动争议。
- 劳动者也应了解自己的年休假权利，积极与用人单位沟通协商，确保自己的合法权益得到妥善保护。如果遇到问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。