结论：事业单位在编瘫痪职工，即便有40年工龄且临近两年退休，单位也不能强制其进行劳动能力鉴定，但特定情况下，如涉及工伤认定、伤残等级评定以获取相应待遇等，单位或相关机构可依据法定程序提出鉴定要求，职工应配合。以下是对此问题的详细分析：

一、劳动能力鉴定的基本原则

劳动能力鉴定是依据国家相关法律法规，对劳动者因工致残或因病丧失劳动能力程度进行的评定。这一过程通常遵循自愿、公正、科学的原则，旨在保障劳动者的合法权益，同时确保用人单位能够合理承担相应的责任。在一般情况下，劳动者有权自主决定是否进行劳动能力鉴定，单位不得强制。

二、事业单位在编职工的特殊情况

对于事业单位在编职工，其劳动关系、工资福利等通常受到更为严格的法律法规和政策约束。然而，在劳动能力鉴定方面，事业单位职工与一般企业职工并无本质区别。即，除非法律法规有特别规定，否则单位不得强制职工进行劳动能力鉴定。

三、特定情况下的鉴定要求

尽管单位不能强制职工进行劳动能力鉴定，但在某些特定情况下，如涉及工伤认定、伤残等级评定以获取相应待遇等，单位或相关机构可能依据法定程序提出鉴定要求。此时，职工应配合完成鉴定，以便准确评估其劳动能力状况，从而确定相应的工伤待遇或伤残津贴等。

四、职工的权益保障

1. 知情权：职工有权了解劳动能力鉴定的目的、程序、结果及其可能产生的法律后果。
2. 选择权：在非法定强制鉴定的情况下，职工有权自主决定是否进行劳动能力鉴定。
3. 申诉权：如果职工认为鉴定结果不公正或存在错误，有权向相关部门提出申诉或申请重新鉴定。

五、建议与注意事项

1. 了解法律法规：职工应主动了解与劳动能力鉴定相关的法律法规和政策，以便在面临鉴定要求时能够做出明智的决策。
2. 与单位沟通：如果单位提出劳动能力鉴定要求，职工应与单位进行充分沟通，了解鉴定的目的和必要性，以及可能产生的法律后果。
3. 寻求专业帮助：在面临复杂的劳动能力鉴定问题时，职工可以寻求专业律师或相关机构的帮助，以确保自己的合法权益得到保障。

六、可能涉及的法律后果

如果单位强制职工进行劳动能力鉴定，且该行为违反了相关法律法规或政策规定，职工有权向相关部门投诉或提起诉讼，要求单位承担相应的法律责任。同时，如果职工因拒绝鉴定而遭受了不公正待遇或损失，也有权要求单位进行赔偿。

总之，虽然单位在一般情况下不能强制职工进行劳动能力鉴定，但在特定情况下，如涉及工伤认定、伤残等级评定等，单位或相关机构可能依据法定程序提出鉴定要求。职工应了解自己的权益和义务，并在必要时寻求专业帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。