在配偶代签字且事后不承认的情况下，一般应由主张签字有效的一方提出鉴定申请，以证明该签字是配偶所签。以下从不同角度为你详细分析：

从举证责任的角度

在民事诉讼中，遵循“谁主张，谁举证”的原则。如果一方主张配偶代签的合同或其他文件是有效的，即认为该签字是配偶真实意思表示，那么这一方就需要承担证明签字真实性的举证责任。而笔迹鉴定是证明签字是否为本人所签的一种有效方式，所以通常应由主张签字有效的一方提出鉴定申请。例如，在一份房屋买卖合同中，丈夫代妻子签字，事后妻子不承认，若买方主张合同有效，认为就是妻子签的字，那么买方就需要申请笔迹鉴定来证明自己的主张。

从实际情况和诉讼策略的角度

1. 主动申请鉴定的一方：如果主张签字有效的一方能够提供一些初步证据，表明签字有可能是配偶所签，比如有证人看到配偶签字，或者有配偶之前在其他文件上类似风格的签字样本等，那么主动申请鉴定会更有利。通过鉴定确认签字真实性后，其主张得到支持的可能性就会增加。
2. 不申请鉴定的情况及后果：如果主张签字有效的一方不申请鉴定，而对方又不承认签字，那么法院可能无法认定签字的有效性。因为没有足够的证据证明签字是配偶所签，法院可能会倾向于认为该签字行为未经配偶同意，从而对主张签字有效的一方不利。例如，在一份借款合同中，出借人主张借款人配偶也在合同上签了字，但借款人配偶不承认，若出借人不申请鉴定，又没有其他证据证明配偶签字，法院可能不会认定配偶有共同借款的意思表示。

鉴定流程及相关注意事项

1. 提出申请：主张签字有效的一方需要向法院提交书面鉴定申请，明确鉴定的事项、要求和理由，并提供相关的检材（如需要鉴定的文件原件）和样本（如配偶之前在其他文件上的签字样本）。
2. 选择鉴定机构：法院会组织双方当事人协商确定有资质的鉴定机构，如果协商不成，法院会通过随机方式确定。
3. 进行鉴定：鉴定机构会按照相关程序和技术标准对检材和样本进行比对鉴定，并出具鉴定意见书。
4. 质证和认定：鉴定意见书出具后，法院会组织双方当事人进行质证。如果双方对鉴定意见没有异议，法院会将其作为认定事实的依据；如果有异议，法院可能会要求鉴定机构进行解释说明，或者根据情况决定是否重新鉴定。

在处理这类问题时，建议你收集好相关证据，如可能证明配偶签字的证人证言、相关文件等，以便在鉴定或诉讼过程中更好地维护自己的权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。