民营企业投标打50万投标保证金，在符合相关法律法规规定的情况下，是合法的。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律法规依据

1. 《中华人民共和国招标投标法》：该法并未直接规定投标保证金的最高限额，但要求招标人在招标文件中明确投标保证金的数额、提交方式和退还条件等。这意味着，只要招标文件中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，投标人按照要求提交投标保证金是合法的。

2. 《中华人民共和国招标投标法实施条例》：该条例第二十六条规定，招标人在招标文件中要求投标人提交投标保证金的，投标保证金不得超过招标项目估算价的2%。同时，投标保证金有效期应当与投标有效期一致。这是关于投标保证金数额的具体规定，也是判断投标保证金是否合法的重要依据。

二、合法性判断

1. 数额是否合法：根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》的规定，投标保证金不得超过招标项目估算价的2%。因此，要判断50万投标保证金是否合法，首先需要知道招标项目的估算价。如果招标项目估算价远高于2500万（即50万除以2%），那么50万投标保证金是合法的；反之，则可能违法。

2. 提交方式是否合法：除了数额外，投标保证金的提交方式也需符合法律法规规定。通常，投标保证金可以通过银行保函、汇票、现金等形式提交。只要招标文件中有明确规定，且投标人按照要求提交，就是合法的。

3. 退还条件是否合法：招标文件还应明确投标保证金的退还条件。在符合法律法规规定和招标文件约定的情况下，招标人应及时退还投标保证金。如果招标文件中的退还条件违法或不合理，可能影响投标保证金的合法性。

三、实际操作建议

1. 仔细阅读招标文件：民营企业在参与投标前，应仔细阅读招标文件，了解投标保证金的数额、提交方式和退还条件等具体要求。

2. 评估自身风险承受能力：在决定提交投标保证金前，民营企业应评估自身的风险承受能力，确保能够承担因投标保证金可能带来的风险。

3. 咨询专业律师：如果民营企业对招标文件中的投标保证金条款存在疑问或担忧，可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。

四、可能面临的法律后果

如果民营企业提交的投标保证金数额超过法律法规规定的限额，或者提交方式、退还条件等不符合法律法规规定，可能面临以下法律后果：

1. 投标保证金被没收：如果投标人在投标过程中存在违规行为，招标人可能根据招标文件的规定没收其投标保证金。

2. 承担法律责任：如果投标保证金的提交或退还等环节存在违法行为，投标人可能面临行政处罚或民事诉讼等法律责任。

综上所述，民营企业投标打50万投标保证金在符合相关法律法规规定的情况下是合法的。但具体是否合法还需根据招标项目的估算价、招标文件的具体要求以及投标人的实际情况进行综合判断。如有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询。