员工劳动赔偿的计算通常基于应发工资，而非单纯依据劳动合同约定的工资或实际工作时间，但具体还需根据赔偿情形和相关法律规定来确定。以下从不同角度为您详细分析：
一、经济补偿金与赔偿金（涉及劳动关系解除或终止）
计算依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条及《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
特殊情况：
- 如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
- 赔偿金为经济补偿金的二倍，适用于用人单位违法解除或终止劳动合同的情形。
举例说明：
- 假设员工在劳动合同解除前十二个月的平均工资（应发工资）为8000元，工作年限为5年，则经济补偿金为5个月×8000元/月=40000元。若用人单位违法解除劳动合同，则需支付赔偿金80000元。
二、工伤赔偿中的本人工资
定义：
- 工伤赔偿中的本人工资，指工伤职工因工作遭受事故伤害或患职业病前12个月平均月缴费工资。
计算原则：
- 若缴费工资与实际工资不一致，一般按实际工资（即应发工资）计算，但有上限和下限规定。具体上限和下限根据当地政策确定。
举例说明：
- 假设员工工伤前12个月的平均应发工资为10000元，但缴费工资为8000元，若当地政策规定工伤赔偿以实际工资为准，则工伤赔偿中的本人工资按10000元计算。
三、实际工作时间与赔偿的关系
一般原则：
- 实际工作时间主要影响经济补偿或赔偿的年限计算，而非直接决定赔偿金额。赔偿金额通常与劳动者在劳动合同解除或终止前的平均工资相关。
特殊情况：
- 如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资，进而确定经济补偿或赔偿金额。
四、实际操作注意事项
确保使用应发工资：
- 在计算经济补偿金或赔偿金时，务必确保使用的是应发工资，即包含所有货币性收入（如基本工资、绩效工资、奖金、津贴等）的总额。
了解自身权益：
- 劳动者应了解自己的权益，确保在面临劳动合同解除或终止、工伤等情形时能够获得与其实际贡献和应得收入相符的经济补偿或赔偿。
审查合同条款与法律规定：
- 劳动者和用人单位在处理相关事宜时，应仔细审查法律规定和合同条款，确保合法权益得到保障。如果合同中有特别约定，且不违反法律法规强制性规定，则按合同约定执行；但若无特别约定或约定违法，则应遵循相关法律规定。
总结与建议：员工劳动赔偿的计算是一个复杂的过程，涉及多个因素和法律规定。为了确保自身权益得到保障，建议您在面临相关问题时及时咨询专业律师（即我本人），以便根据具体情况提供准确的法律建议和帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。