结论：挂靠车辆司机交通事故造成国家财产损失1000万，法人房产是否会被冻结，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法人责任与房产冻结的法律依据
法人责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法人以其全部财产独立承担民事责任。这意味着，如果挂靠车辆所属的法人单位在交通事故中负有责任，且其财产不足以赔偿全部损失时，理论上法人的其他财产（包括房产）可能面临被执行的风险。
房产冻结的法律依据：
- 房产冻结通常是在诉讼过程中或执行阶段，法院根据申请人的申请或依职权，对被执行人的财产采取的一种保全或执行措施。其目的是确保判决能够得到有效执行，保护申请人的合法权益。
二、挂靠车辆与法人责任的关系
挂靠关系的法律性质：
- 挂靠关系通常指的是个人或单位将其车辆挂靠在另一单位名下，以该单位的名义从事运营活动。在这种关系下，挂靠方和被挂靠方（即法人单位）之间可能存在内部约定，但对外而言，法人单位通常被视为车辆的所有者或运营者。
法人对挂靠车辆事故的责任：
- 如果挂靠车辆在运营过程中发生交通事故，且法人单位被认定为责任主体（如因管理不善、选任不当等原因），则法人单位需承担相应的赔偿责任。这种赔偿责任可能包括赔偿国家财产损失等。
三、法人房产是否会被冻结的具体分析
法人财产状况：
- 如果法人单位拥有足够的财产来赔偿全部损失（包括国家财产损失1000万），则无需冻结其房产。
- 如果法人单位的财产不足以赔偿全部损失，且其他财产（如银行存款、车辆等）已被查封或执行完毕，仍不足以弥补损失时，法院可能会考虑冻结法人的房产。
诉讼与执行阶段：
- 在诉讼阶段，如果申请人担心法人单位转移财产或逃避赔偿，可以向法院申请财产保全措施，包括冻结法人的房产。
- 在执行阶段，如果法人单位未履行生效判决确定的赔偿义务，法院可以依职权或根据申请人的申请，对法人的房产采取执行措施。
其他因素：
- 法院在决定是否冻结法人房产时，还会考虑其他因素，如法人单位的经营状况、是否存在恶意逃避赔偿的行为等。
四、建议与措施
积极应对诉讼：
- 如果法人单位面临诉讼风险，应积极应对，委托专业律师进行辩护，争取减轻或免除赔偿责任。
财产保全与执行异议：
- 如果法人单位的房产被错误冻结或执行，可以及时向法院提出财产保全异议或执行异议，维护自身合法权益。
加强内部管理：
- 法人单位应加强对挂靠车辆的管理，完善相关制度，降低交通事故风险，避免不必要的法律纠纷。
总结：挂靠车辆司机交通事故造成国家财产损失1000万时，法人房产是否会被冻结取决于多种因素，包括法人单位的财产状况、诉讼与执行阶段的情况以及其他相关因素。因此，无法直接给出肯定或否定的答案。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。