公司安全员是否会因挂靠车辆司机交通事故造成国家财产损失5000万而坐牢，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、刑事责任角度
交通肇事罪：
- 如果司机在交通事故中负主要或全部责任，且造成了严重的后果（如死亡、重伤或重大财产损失），司机可能构成交通肇事罪。但公司安全员本身并非直接肇事者，除非其存在指使、强令司机违章驾驶等直接参与或教唆犯罪的行为，否则一般不会因司机的交通肇事行为而直接承担刑事责任。
重大责任事故罪：
- 如果公司安全员在安全生产管理方面存在严重失职或违规行为，且这些行为与交通事故的发生有直接因果关系，那么安全员可能构成重大责任事故罪。但这一罪名的成立需要满足多个条件，包括安全员具有安全生产管理职责、存在严重失职或违规行为、行为与事故有直接因果关系等。
二、民事责任角度
- 无论公司安全员是否承担刑事责任，其都可能因职务行为而承担一定的民事责任。如果安全员在安全生产管理方面存在疏忽或过错，导致交通事故发生并造成国家财产损失，公司或相关责任方可能会向安全员追偿部分或全部损失。但这种民事责任与刑事责任是分开的，不会因承担民事责任而直接导致坐牢。
三、具体情境分析
如果安全员无过错：
- 如果公司安全员在安全生产管理方面已经尽到了合理的注意义务，且没有直接参与或教唆司机的违章行为，那么其通常不会因交通事故而承担刑事责任。
如果安全员有过错：
- 如果安全员存在指使、强令司机违章驾驶、未按规定进行安全检查或培训、未及时消除安全隐患等过错行为，且这些行为与交通事故的发生有直接因果关系，那么其可能构成重大责任事故罪或其他相关罪名，并面临刑事处罚。
四、建议与措施
对于公司安全员：
- 应严格遵守安全生产管理规定，履行好自己的职责，确保车辆和司机的安全。
- 定期进行安全检查和培训，及时消除安全隐患。
- 如发现司机存在违章行为或安全隐患，应及时制止并报告相关部门。
对于公司：
- 应建立健全的安全生产管理制度，明确各级人员的职责和权限。
- 加强对安全员的培训和考核，提高其安全意识和业务能力。
- 如发生交通事故，应积极配合相关部门进行调查和处理，并承担相应的民事责任。
总结来说，公司安全员是否会因挂靠车辆司机交通事故造成国家财产损失5000万而坐牢，取决于其在安全生产管理方面的行为是否构成犯罪以及是否与交通事故有直接因果关系。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。