公安机关办理海关违法物品扣留的主要法律依据包括《中华人民共和国海关法》和《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关行政法规，具体适用情形和程序如下：

1. 《中华人民共和国海关法》的直接规定
   根据《海关法》第六条第四项，海关有权对“走私嫌疑的运输工具、货物、物品”进行扣留。这是海关行使行政执法权的核心依据，适用于尚未构成犯罪但涉嫌违反海关监管规定的情形（如未申报、瞒报、伪报等）。

   • 程序要求：海关需在扣留后48小时内对物品进行查验，并在7日内决定是否立案；若需延长扣留期限，需经直属海关关长或其授权的隶属海关关长批准，最长可延长至30日（特殊情况报海关总署批准可再延长）。
     
   • 例外情形：对易腐烂变质、时效性强的物品（如鲜活货物），海关可依法先行变卖处理，但需保留相关证据。

2. 《中华人民共和国刑事诉讼法》的衔接适用
   若海关在执法过程中发现涉嫌走私犯罪（如偷逃应缴税额较大、逃避监管等），需依据《刑事诉讼法》第一百一十五条将案件移送公安机关立案侦查。此时，公安机关可依据《刑事诉讼法》第八十二条对犯罪嫌疑人采取刑事强制措施，并扣留涉案物品作为证据。

   • 程序要求：公安机关扣留物品需出示扣留决定书，并在3日内提请检察院审查批准逮捕；若需延长扣留期限，需符合《刑事诉讼法》关于侦查羁押期限的规定（如一般案件不超过2个月，复杂案件可经上级检察院批准延长）。
     
   • 证据效力：海关移交的扣留物品需经公安机关重新固定证据，确保符合刑事诉讼的证据标准（如合法性、关联性、真实性）。

3. 行政法规与部门规章的补充规定

   • 《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》：明确海关扣留物品的具体情形（如超量携带货币、禁止进出口物品等），并规定扣留期限不得超过1年（特殊情况报海关总署批准可延长）。
     
   • 《公安机关办理刑事案件程序规定》：规范公安机关在接收海关移送案件后的扣留程序，如需对物品进行鉴定、检验的，应在3日内委托相关机构，并告知当事人权利义务。

实务建议：

• 若您或您的企业涉及海关扣留物品，需第一时间核实扣留主体（海关或公安机关）及法律依据，区分行政扣留与刑事扣留的性质。
  
• 对行政扣留，可依据《海关法》要求海关出具书面扣留决定书，并在期限内申请复议或诉讼；对刑事扣留，需委托律师介入，审查侦查程序合法性（如是否超期扣留、是否侵犯财产权等）。
  
• 涉及跨境贸易时，建议提前了解目的国海关法规，避免因单证不全、申报错误等引发扣留风险。
  

如有具体案件或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。