公安机关对于刑事案件违法所得应当扣押的法律依据主要来源于《中华人民共和国刑法》和《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定。以下是对这一问题的详细解答：
《中华人民共和国刑法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。这一条款明确了公安机关在刑事案件中对违法所得的处理原则，即应当予以追缴或没收，这为公安机关扣押违法所得提供了法律基础。
《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定：
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十一条规定，在侦查活动中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的各种财物、文件，应当查封、扣押；与案件无关的财物、文件，不得查封、扣押。这一条款直接赋予了公安机关在侦查过程中对违法所得进行扣押的权力，同时明确了扣押的范围和条件，即与案件有关的财物和文件。
- 此外，《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十五条还规定，对查封、扣押的财物、文件、邮件、电报或者冻结的存款、汇款、债券、股票、基金份额等财产，经查明确实与案件无关的，应当在三日以内解除查封、扣押、冻结，予以退还。这一条款保障了公民的合法权益，防止公安机关滥用扣押权力。
在实际操作中，公安机关扣押违法所得需遵循以下程序：
- 出示证件和扣押决定书：公安机关在执行扣押时，应当向被扣押人出示工作证件和扣押决定书，说明扣押的理由和依据。
- 制作扣押清单：扣押的财物、文件应当会同在场见证人和被扣押财物持有人查点清楚，当场开列清单一式二份，由侦查人员、见证人和持有人签名或者盖章，一份交给持有人，另一份附卷备查。
- 妥善保管扣押财物：对扣押的财物、文件，要妥善保管或者封存，不得使用、调换或者损毁。
- 及时处理扣押财物：对于扣押的财物，经查明确实与案件无关的，应当在三日以内解除扣押，退还原主；对于需要作为证据使用的，应当在法庭审判终结后，依法予以返还或者没收。
若公安机关在扣押过程中存在违法行为，如超范围扣押、未出示扣押决定书等，被扣押人有权向公安机关提出申诉或控告，也可以依法向人民法院提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
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