结论：关于您地邻居将责任田的下水沟填平，村里未公开处理并赔偿1000元是否违法的问题，不能直接判定为违法，但村里在处理此事时可能存在程序上的瑕疵或不足，且赔偿金额是否合理需根据实际情况判断。以下从多个角度为您详细分析：
一、村里处理程序的合法性
程序公开性：
- 村里在处理此类纠纷时，理论上应当遵循公开、公正的原则，确保处理过程的透明度。如果村里未公开处理过程，可能引发村民对处理结果公正性的质疑。
- 建议：您可以要求村里公开处理此事的详细过程，包括调查、取证、协商等环节，以评估处理的公正性。
调解与协商：
- 村里在处理邻里纠纷时，通常会先尝试调解和协商，以达成双方都能接受的解决方案。如果村里已经进行了调解和协商，并达成了赔偿协议，那么这一过程本身并不违法。
- 关键点：您需要确认村里是否确实进行了调解和协商，以及您是否同意了赔偿方案。
二、赔偿金额的合理性
损失评估：
- 赔偿金额应当基于您因下水沟被填平所遭受的实际损失来确定。这包括但不限于土地排水受阻可能导致的农作物减产、土地价值下降等。
- 建议：您可以自行或委托专业机构对损失进行评估，以确定赔偿金额是否合理。
赔偿协议：
- 如果您已经与村里或邻居达成了赔偿协议，并接受了1000元的赔偿，那么这一协议在法律上通常是有效的。除非您能证明在签订协议时存在欺诈、胁迫等情形，否则难以推翻。
- 关键点：您需要仔细审查赔偿协议的内容，确保自己的权益得到充分保障。
三、可能的法律途径
协商与调解：
- 如果您对村里的处理结果或赔偿金额不满意，可以首先尝试与邻居或村里进行进一步的协商和调解。
行政投诉：
- 如果协商和调解无果，您可以向当地的乡镇政府或土地管理部门投诉，请求他们介入处理此事。
法律诉讼：
- 如果其他途径均无法解决问题，您还可以考虑通过法律诉讼来维护自己的权益。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明自己的损失和对方的过错。
四、注意事项
- 保留证据：在处理此类纠纷时，务必保留好所有相关证据，如照片、视频、证人证言等，以便在需要时提供证明。
- 及时行动：不要拖延处理时间，以免因时间过长而导致证据灭失或难以收集。
总结与建议：村里在处理您责任田下水沟被填平的问题时，虽然不能直接判定为违法，但可能存在程序上的瑕疵或不足。赔偿金额是否合理需根据实际情况判断。如果您对处理结果不满意，可以尝试与邻居或村里进行进一步的协商和调解，或者向相关部门投诉、提起法律诉讼。在处理过程中，务必保留好所有相关证据，并及时行动以维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。