在建设工程施工不合格且损失大于成本的案件中，法院判决对损失的支持通常会综合多方面因素来确定，以下是详细分析：

1. 依据合同约定
   • 核心要点：建设工程施工合同是确定双方权利义务的重要依据。如果合同中明确约定了工程质量标准以及因工程质量不合格导致损失的计算方式和责任承担，法院一般会按照合同约定来判决损失支持。
   • 举例说明：假设合同中规定，若工程质量未达到合格标准，施工方需承担因返工、修复等产生的全部费用，并且还需赔偿发包方因工程延误导致的间接损失，如租金损失、预期利润损失等。在这种情况下，只要发包方能够提供充分的证据证明这些损失的实际发生，法院就会依据合同约定支持发包方的损失赔偿请求。
2. 依据实际损失情况
   • 核心要点：即使合同没有明确约定或者约定不明确，法院也会根据实际损失情况进行判决。实际损失包括直接损失和间接损失。直接损失是指因工程质量不合格而直接导致的财产减少，如修复工程的费用、拆除不合格工程的费用等；间接损失是指因工程质量不合格而导致的可得利益损失，如因工程延误而无法按时投入使用产生的租金损失、预期销售利润损失等。
   • 举例说明：在一个案例中，由于施工方施工的桥梁存在质量问题，导致桥梁需要拆除重建。发包方因此支付了拆除费用、重建费用等直接损失，同时还因为桥梁无法按时通车，导致周边商业活动受到影响，产生了租金收入减少等间接损失。法院在审理过程中，会对这些损失进行详细调查和评估，只要发包方能够提供合理的证据证明这些损失与工程质量不合格之间存在因果关系，就会支持相应的损失赔偿。
3. 考虑双方的过错程度
   • 核心要点：在建设工程施工合同纠纷中，法院会综合考虑发包方和施工方在工程质量问题上的过错程度，来确定双方应承担的责任比例。如果施工方存在重大过错，如故意使用不合格材料、不按照施工规范施工等，导致工程质量不合格且损失巨大，那么施工方应承担主要或全部的赔偿责任；如果发包方也存在一定过错，如未按照合同约定提供施工条件、未及时进行质量检验等，那么发包方也应承担相应的责任，法院会根据双方的过错程度相应减少施工方的赔偿责任。
   • 举例说明：在一个工程项目中，施工方为了降低成本，使用了不合格的建筑材料，导致工程质量严重不合格。但同时，发包方在施工过程中未按照合同约定及时对工程质量进行检验，没有及时发现施工方的问题。在这种情况下，法院可能会认定施工方承担80%的责任，发包方承担20%的责任，然后根据这个责任比例来确定双方应承担的损失赔偿金额。
4. 参考行业惯例和专家意见
   • 核心要点：对于一些复杂的工程质量问题和损失计算，法院可能会参考行业惯例和专家意见。行业惯例是在长期的行业实践中形成的一种通行做法，具有一定的合理性和权威性；专家意见则是由具有专业知识和经验的人员对工程质量问题和损失情况进行分析和评估后得出的结论，能够为法院的判决提供专业的参考依据。
   • 举例说明：在一个大型建筑工程的质量纠纷案件中，对于因工程质量不合格导致的建筑物使用寿命缩短所产生的损失计算，由于涉及到复杂的建筑结构知识和经济评估方法，法院可能会委托相关的建筑专家和经济专家进行评估。专家会根据建筑物的实际情况、行业标准和经济模型等因素，出具详细的评估报告，法院会参考这份报告来确定损失赔偿金额。

在处理这类案件时，发包方和施工方都应积极收集和保留相关证据，如施工合同、质量检验报告、损失计算依据等，以便在诉讼中能够充分证明自己的主张。如果你有相关的法律问题，可以直接向我咨询。