结论：是否扣除措施费与是否存在扬尘污染无直接必然联系，需根据具体合同约定、实际施工情况及相关法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、合同约定角度

1. 合同有明确约定：如果施工合同中明确约定了扬尘污染控制措施费的相关条款，例如约定了达到何种扬尘污染控制标准才能全额支付措施费，或者约定了若出现扬尘污染问题将扣除一定比例的措施费等。那么在这种情况下，就需要严格按照合同约定来执行。若实际施工中没有扬尘污染，且符合合同约定的支付条件，则不应扣除措施费；反之，若存在扬尘污染且违反了合同约定，就可能按照合同约定扣除相应的措施费。
2. 合同无明确约定：当施工合同中没有对扬尘污染控制措施费作出明确规定时，就不能简单地以是否存在扬尘污染来决定是否扣除措施费。此时需要进一步结合实际施工情况以及相关法律法规来综合判断。

二、实际施工情况角度

1. 已采取有效扬尘污染控制措施：即使实际施工过程中没有出现扬尘污染，但如果施工单位已经按照相关标准和要求采取了有效的扬尘污染控制措施，例如设置了围挡、洒水降尘设备、覆盖防尘网等，并且有相应的证据证明这些措施的实施情况和效果。那么在这种情况下，扣除措施费可能缺乏合理依据，因为施工单位已经履行了相应的义务。
2. 未采取扬尘污染控制措施或措施不当：如果施工单位没有采取任何扬尘污染控制措施，或者采取的措施不符合相关标准和要求，即使最终没有造成明显的扬尘污染后果，也不能简单地认为就不应该扣除措施费。因为施工单位有义务采取必要的措施来防止扬尘污染的发生，其未履行义务的行为本身就违反了相关规定和合同精神，扣除措施费可以作为对其违约行为的一种约束和惩罚。

三、相关法律规定角度

根据《中华人民共和国大气污染防治法》等相关法律法规，施工单位在施工过程中有义务采取有效的扬尘污染防治措施，减少施工活动对大气环境的污染。如果施工单位违反了这些规定，可能会面临行政处罚等法律后果。虽然这些法律规定并没有直接涉及措施费的扣除问题，但从侧面反映了施工单位在扬尘污染控制方面的责任和义务。如果因为施工单位的原因导致扬尘污染问题，给周边环境或他人造成了损害，施工单位还可能需要承担相应的民事赔偿责任。在这种情况下，扣除措施费也可以作为一种内部的经济管理手段，促使施工单位更加重视扬尘污染控制工作。

建议：如果面临是否扣除措施费的争议，建议首先仔细审查施工合同的相关条款，明确双方的权利和义务；其次，收集和整理实际施工过程中的相关证据，如扬尘污染控制措施的实施记录、监测报告等；最后，可以与对方进行协商沟通，寻求妥善的解决方案。如果协商不成，可以考虑通过法律途径解决争议，如申请仲裁或提起诉讼等。若您有进一步的疑问或需要更具体的法律帮助，可以直接向我咨询。