关于夜间施工费与二次搬运费未实际发生是否应扣除的问题，需分情况讨论，结论如下：

1. 夜间施工费未实际发生：通常应扣除

• 法律逻辑：夜间施工费属于工程款中的“措施项目费”，其支付前提是承包人实际采取了夜间施工措施（如办理夜间施工许可证、采取降噪措施等）。若未发生夜间施工，则该费用缺乏支付依据。
• 合同约定优先：若施工合同中明确约定“夜间施工费按实际发生计取”或“未发生则不计取”，则发包人有权扣除；若合同未明确约定，但行业惯例或定额标准中规定该费用为“实报实销”性质，同样应扣除。
• 例外情形：若因发包人原因导致承包人无法夜间施工（如审批延误、现场条件不具备），但合同未约定责任分担，可能需结合过错原则判断是否扣除。

2. 二次搬运费未实际发生：通常应扣除

• 费用性质：二次搬运费属于“组织措施费”，用于补偿因施工场地条件限制导致的材料、设备二次搬运成本。其支付前提是实际发生了二次搬运行为（如因场地狭小需多次转运）。
• 证据要求：承包人需提供签证单、运输记录、照片等证据证明二次搬运实际发生。若无法提供，发包人有权扣除。
• 合同特殊约定：若合同约定“二次搬运费按建筑面积包干”或“无论是否发生均计取”，则可能无需扣除；但此类约定需明确且合理，否则可能被认定为“显失公平”。

3. 实务操作建议

• 核查合同条款：优先依据合同约定处理，若合同无约定，再参考定额标准或行业惯例。
• 留存证据：承包人应保存夜间施工许可、搬运记录等证据；发包人若主张扣除，需证明费用未实际发生。
• 协商或诉讼：若双方争议较大，可协商调整费用或通过司法鉴定确定实际发生额。

总结：夜间施工费与二次搬运费若未实际发生，通常应扣除，但需结合合同约定、证据情况及过错原则综合判断。如有具体合同条款或证据争议，可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析。