您好，关于您提出的“灵活就业协议签了，大学毕业后档案会转移到签订协议的公司吗”这一问题，我可以为您详细解答。

首先，需要明确的是，大学毕业后档案的转递是根据毕业生的就业去向来决定的。对于签订了灵活就业协议的情况，这通常意味着您并未进入机关、国有企事业单位或定向招生就业的单位工作，而是选择了灵活就业的方式。

根据相关规定，毕业后到非公单位（如民营企业、外资企业等）就业、灵活就业及自主创业的高校毕业生，其档案并不会直接转递至签订协议的公司，而是会转递至就业创业地或户籍地的公共就业人才服务机构。如果您希望将档案转递至就业创业地，那么您需要提供相关的就业创业信息以便办理转递手续。

此外，档案的转递是由高校根据毕业生的就业去向来统一处理的，严禁个人保管、携带和转递。因此，您无需担心档案的转递问题，高校会按照相关规定为您妥善处理。

最后，如果您想查询自己的档案去向，可以通过以下途径进行：一是致电就业地或户籍地的公共就业人才服务机构进行查询；二是通过原就读高校的相关部门查询档案转递信息；三是通过“全国人力资源和社会保障政务服务平台”进行在线查询。

希望以上解答能够对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。