在行政诉讼中，如果机关单位提交的书证模糊不清，可以按照以下方式处理：
申请法院责令提交清晰证据
根据《行政诉讼法》第四十一条规定，被告（行政机关）对作出的行政行为负有举证责任，应当提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。若其提交的书证模糊不清，无法有效证明行政行为的合法性，原告（您）有权在举证期限内申请法院责令被告补充清晰、完整的证据。法院经审查认为必要的，会要求被告限期补充，否则可能承担举证不能的不利后果。
申请证据保全或鉴定
若书证模糊系因原件损坏、字迹褪色等客观原因导致，您可申请法院对证据进行保全（如拍照、复印、封存等），或委托专业机构对书证内容进行鉴定（如笔迹鉴定、文件形成时间鉴定等），以固定证据内容。根据《行政诉讼法》第四十二条，法院有权依职权或依申请调取证据，必要时可委托鉴定。
利用质证程序提出异议
在庭审质证阶段，您可直接指出书证模糊不清，无法辨认关键内容（如时间、签名、印章等），并要求被告说明证据来源、形成过程及与案件的关联性。若被告无法合理解释，法院可能对该证据的证明力不予认可。根据《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第五十六条，证据形式、来源不符合法律规定的，或存在瑕疵且无法补正的，不得作为定案依据。
结合其他证据综合反驳
若书证模糊但被告坚持其证明力，您可通过提交反证（如现场照片、录音录像、证人证言等），证明被告主张的事实与实际情况不符。例如，若被告提交的模糊文件显示“批准某项目”，但您能提供规划部门未审批的书面回复，可形成证据链反驳被告主张。
温馨提示：行政诉讼中，证据的合法性、真实性、关联性是核心审查要点。若遇到机关单位提交模糊书证，建议及时与律师沟通，制定针对性质证策略，避免因证据问题影响诉讼结果。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件情况。