女员工来例假肚子疼请假，一般是不扣工资的，但具体是否扣工资还需根据单位规章制度、劳动合同约定以及当地法规来确定。以下是从不同角度的详细分析：

1. 法律依据与地方性法规：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的相关原则，法律对女职工特殊生理时期有保护倾向，尽管直接条款主要针对生育产假，但精神可延伸至痛经等特殊情况。
   • 部分省份，如安徽、海南等，已出台地方性法规，明确女职工因月经过多或痛经不能正常上班时，可申请休息，且期间工资照发。例如，《安徽省女职工劳动保护特别规定》第十八条就对此有明确规定。

2. 单位规章制度与劳动合同：

   • 如果单位有明确的痛经假制度，并规定在此类假期中员工享有带薪休假，那么员工在请痛经假时，单位应按照规定支付工资。
   • 劳动合同中关于薪酬和福利的条款也可能涉及痛经假的待遇问题。如果劳动合同中有明确规定，则按照合同约定执行。

3. 无明确规定时的处理：

   • 若单位没有明确的痛经假制度或劳动合同中未提及，员工可尝试与单位协商，争取获得带薪休假或至少不扣工资。
   • 若协商无果，且当地法规未明确规定痛经假为带薪假，单位可能会根据自身情况决定是否扣发工资。但即便如此，从人文关怀和法律精神出发，单位也应尽量给予理解和支持，避免对女员工造成不必要的负担。

建议与行动：

• 了解当地法规：首先，女员工应了解自己所在省份或地区是否有关于痛经假的具体规定，以便在需要时能够维护自己的合法权益。
• 与单位沟通：如果单位没有明确的痛经假制度，女员工可以与单位的人力资源部门或上级进行沟通，说明自己的情况，并争取获得带薪休假或至少不扣工资的待遇。
• 保留证据：在请假时，女员工应尽量提供医疗机构出具的证明，以证明自己确实因痛经无法正常上班，这有助于增加与单位协商的成功率。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。