如果单位未按照上年度平均工资进行相关支付（如社保缴费基数、经济补偿金计算等），劳动者可以采取以下措施维护自身权益：
明确单位未按照上年度平均工资支付的具体情形
首先，需要明确单位未按照上年度平均工资支付的具体内容。例如：
- 社保缴费基数未按上年度平均工资申报；
- 经济补偿金、赔偿金等未以离职前12个月平均工资为标准计算；
- 加班费、病假工资等未以约定或法定基数（通常与平均工资挂钩）计算。
不同情形对应的法律后果和维权方式可能存在差异，需具体分析。
与单位协商或要求补正
劳动者可先与单位人力资源部门或直接上级沟通，要求单位核实并补正相关支付。例如：
- 要求单位重新申报社保缴费基数；
- 要求单位重新计算经济补偿金并补足差额；
- 要求单位按实际工资标准支付加班费或病假工资。
法律依据：根据《劳动合同法》第三十条，用人单位应及时足额支付劳动报酬，包括工资、加班费、经济补偿等。若单位未履行，劳动者有权要求补足。
向劳动监察部门投诉
若协商无果，劳动者可向当地劳动保障监察大队投诉，要求单位改正违法行为。例如：
- 投诉单位未依法申报社保缴费基数；
- 投诉单位未足额支付经济补偿金或加班费。
法律依据：根据《劳动保障监察条例》第十一条，劳动保障行政部门有权对用人单位的工资支付、社保缴费等行为进行监督检查，并责令改正。
申请劳动仲裁
若投诉后单位仍不改正，劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张单位补足差额并承担相应责任。例如：
- 仲裁请求单位补缴社保差额（需注意社保补缴可能受时效限制）；
- 仲裁请求单位支付经济补偿金差额及50%-100%的赔偿金（若单位恶意拖欠）；
- 仲裁请求单位支付加班费或病假工资差额。
法律依据：根据《劳动争议调解仲裁法》第二条，因劳动报酬、经济补偿等发生的争议属于仲裁范围。
注意时效和证据收集
- 时效：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算；社保补缴可能受2年时效限制（具体以地方规定为准）。
- 证据：劳动者需收集工资条、银行流水、劳动合同、社保缴费记录等证据，证明单位未按照上年度平均工资支付的事实。
总结：单位未按照上年度平均工资支付相关费用时，劳动者可通过协商、投诉、仲裁等方式维权。建议优先与单位沟通，若无法解决，及时向劳动监察部门投诉或申请仲裁，并注意保留相关证据。如有具体问题，可进一步向我咨询。