针对诬陷员工私吞公款但员工已离职的情况，公司应采取以下措施来维护自身权益并应对可能的法律后果：
立即澄清事实，避免诬陷风险：
- 公司若错误地诬陷员工私吞公款，可能面临员工提起的诽谤、名誉权侵权等民事诉讼，甚至可能因证据不足而承担法律责任。因此，公司应首先迅速核实事实，确保指控有充分证据支持。若发现指控不实，应立即公开澄清，避免对员工名誉造成进一步损害。
若指控属实，收集并保存证据：
- 若公司确实掌握员工私吞公款的证据，应立即全面收集并保存相关证据，包括但不限于财务记录（如财务报表、账目明细、发票、报销凭证等）、业务文件（如合同、订单、发货单、收货单等）、通讯记录（如邮件、即时通讯软件聊天记录等）以及证人证言。
- 证据是处理此类案件的关键，务必确保证据的完整性和真实性。
内部调查与评估：
- 成立由财务、法务、人力资源等部门人员组成的调查小组，对事件进行全面调查。
- 询问相关人员，包括同事、上级领导、客户、供应商等，了解员工的工作表现和业务往来。
- 根据证据和询问情况，还原私吞公款的具体过程和手段，确定金额和时间范围。
- 评估通过法律途径追究责任的胜诉可能性，为后续行动提供依据。
尝试沟通协商：
- 在掌握充分证据的基础上，公司可以尝试与员工沟通协商，书面告知员工公司已掌握其私吞公款的证据，并要求归还。
- 若员工愿意配合，可协商分期还款等方案，并保留沟通记录作为后续法律行动的证据。
法律途径维权：
- 若协商无果，公司应考虑通过法律途径维权：
- 向公安机关报案：员工私吞公款可能涉嫌职务侵占罪或挪用资金罪，公司可以向当地公安机关报案，要求追究员工的刑事责任。
- 提起民事诉讼：公司可以同时或单独向法院提起民事诉讼，要求员工返还公款并赔偿损失。在此过程中，公司需承担举证责任，证明员工确实存在私吞公款的行为。
应对员工可能的反诉：
- 若员工认为公司诬陷其私吞公款，可能会提起反诉，要求公司赔偿名誉损失等。因此，公司在采取行动前应确保指控有充分证据支持，并在必要时寻求法律专业人士的帮助，以降低法律风险。
后续防范措施：
- 为防止类似事件再次发生，公司应加强内部管理，完善财务制度，加强资金监管，规范审批流程，并定期进行审计。
- 加强员工教育，提高员工的法律意识和职业道德水平，让员工认识到私吞公款的严重后果。
- 强化监督机制，建立内部监督机制，加强对员工工作行为的监督和检查，鼓励员工举报违规行为。
总结来说，公司在面对诬陷员工私吞公款但员工已离职的情况时，应首先核实事实，确保指控有充分证据支持；若指控属实，则应迅速收集并保存证据，进行内部调查与评估；尝试与员工沟通协商；若协商无果，则通过法律途径维权；并采取后续防范措施以避免类似事件再次发生。在整个过程中，公司应谨慎行事，确保每一步都符合法律法规的要求，以降低法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。