结论：工程已经交付使用，被告才发现门窗有质量问题但不影响使用的情况下，是可以提起诉讼的，但能否胜诉以及具体责任承担，需结合合同约定、法律规定及实际情况综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、诉讼权利的角度

1. 诉讼权利不受影响：无论工程是否交付使用，也无论门窗质量问题是否影响使用，只要存在质量问题，且该质量问题可能由施工方的责任导致，被告（通常指建设单位或业主）均有权向法院提起诉讼，要求施工方承担相应的法律责任。这是法律赋予公民和法人的基本诉讼权利。

二、合同约定的角度

1. 合同条款的审查：首先，需要审查建设工程施工合同中关于质量标准的约定。如果合同中明确规定了门窗的质量标准，且施工方未达到该标准，那么即使门窗质量问题不影响使用，被告也有权要求施工方承担违约责任，包括修复、更换或赔偿损失等。
2. 违约责任的承担：根据《民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。因此，如果施工方提供的门窗存在质量问题，且该问题违反了合同约定，被告有权要求施工方承担相应的违约责任。

三、法律规定的角度

1. 质量保修责任：根据《建设工程质量管理条例》的规定，建设工程在保修范围和保修期限内发生质量问题的，施工单位应当履行保修义务，并对造成的损失承担赔偿责任。即使门窗质量问题不影响使用，但如果仍在保修期限内，且属于保修范围，被告仍有权要求施工方进行保修或赔偿。
2. 质量瑕疵担保责任：根据《民法典》中关于买卖合同的规定（建设工程合同可参照适用），出卖人（在此可类比为施工方）对标的物（门窗）负有质量瑕疵担保责任。如果门窗存在质量问题，即使不影响使用，出卖人也可能需要承担修理、更换、退货或减少价款等责任。在建设工程领域，这一原则同样适用。

四、实际损失的角度

1. 损失的计算与赔偿：如果门窗质量问题虽然不影响使用，但给被告造成了其他损失（如因质量问题导致的维修费用、因质量问题导致的房屋价值减损等），被告有权要求施工方赔偿这些损失。在提起诉讼时，被告需要提供充分的证据证明这些损失的存在及其与门窗质量问题的因果关系。

五、建议与注意事项

1. 收集证据：在提起诉讼前，被告应尽可能收集与门窗质量问题相关的证据，包括合同、验收报告、照片、视频、维修记录等。这些证据将有助于证明施工方的违约行为或质量瑕疵担保责任的成立。
2. 咨询专业律师：由于建设工程领域的法律问题较为复杂，且涉及大量的专业知识和实践经验，因此被告在提起诉讼前最好咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和诉讼策略，帮助被告更好地维护自己的合法权益。

最后，虽然工程已经交付使用且门窗质量问题不影响使用，但被告仍然有权提起诉讼要求施工方承担相应的法律责任。然而，能否胜诉以及具体责任承担还需结合合同约定、法律规定及实际情况综合判断。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。