结论：校企合作中，学生不签协议就不开工资且钱被部门拿走的情况，可能涉及违法用工、侵犯学生权益以及可能的职务侵占或挪用资金等问题，具体需根据实际情况判断。

分析：

1. 关于不签协议就不开工资：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。即使是在校企合作中，学生作为劳动者（或实习生，但实习生也享有相应权益），其劳动权益也应受到保护。不签协议就不开工资，显然违反了劳动法中关于按时足额支付劳动报酬的规定。
   • 法律建议：学生应要求与企业签订书面协议，明确双方的权利和义务，包括工资支付、工作时间、工作内容等。如果企业拒绝签订协议或拖欠工资，学生可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的权益。

2. 关于钱被部门拿走：

   • 可能情况：
     • 职务侵占或挪用资金：如果部门负责人或相关人员将学生的工资非法占为己有或挪作他用，可能构成职务侵占或挪用资金等违法行为。
     • 管理混乱或违规操作：也可能是企业内部管理混乱，导致工资发放流程出现错误，或者部门负责人违规操作，将本应发放给学生的工资截留。
   • 法律建议：
     • 学生应首先与企业沟通，了解工资被拿走的具体原因，并要求企业立即纠正错误，发放应得的工资。
     • 如果企业拒绝纠正或无法联系到企业，学生可以向当地公安机关报案，或者向法院提起民事诉讼，要求企业支付拖欠的工资，并可能要求赔偿因此造成的损失。
     • 如果涉及职务侵占或挪用资金等违法行为，学生还可以向相关部门举报，要求追究相关人员的法律责任。

3. 关于校企合作中的特殊权益保护：

   • 法律背景：校企合作中，学生往往处于相对弱势的地位，其劳动权益容易受到侵害。因此，相关法律法规对校企合作中的学生权益保护有特别规定。
   • 法律建议：学生在参与校企合作项目时，应充分了解自己的权益和义务，与企业签订明确的协议，并保留好相关证据。如果遇到权益受到侵害的情况，应及时向学校或相关部门反映，并寻求法律帮助。

后续行动建议：

• 学生应尽快与企业沟通，要求签订书面协议并支付拖欠的工资。
• 如果企业拒绝沟通或解决问题，学生可以向当地劳动监察部门投诉，或者向法院提起民事诉讼。
• 如果涉及违法行为，学生还可以向公安机关报案或向相关部门举报。

可能法律后果：

• 企业可能因违法用工、拖欠工资等行为受到行政处罚或民事赔偿。
• 相关人员可能因职务侵占、挪用资金等违法行为受到刑事处罚。

总之，校企合作中学生的劳动权益应受到充分保护。如果遇到不签协议就不开工资且钱被部门拿走的情况，学生应积极维护自己的权益，通过法律途径解决问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。