店长更改公司原制度后对员工不利，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
核实制度变更的合法性：
- 首先，员工需要确认店长是否有权单方面更改公司制度。通常，公司制度的变更需要经过一定的程序，如职工代表大会或全体职工讨论、提出方案和意见、与工会或职工代表平等协商确定等，并应以书面形式公布。如果店长未经合法程序擅自更改制度，那么这种更改可能是无效的。
对比新旧制度，评估不利影响：
- 员工应仔细对比新旧制度，明确哪些条款发生了变化，以及这些变化对自己产生了哪些不利影响。例如，工资结构调整、福利减少、工作时间延长等。了解这些变化有助于员工更准确地判断自己的权益是否受到了侵害。
与店长或公司管理层沟通：
- 在确认制度变更存在不利影响后，员工可以尝试与店长或公司管理层进行沟通，表达自己的关切和诉求。沟通时，员工应保持冷静和理性，明确指出制度变更中的不合理之处，并提出合理的改进建议。如果沟通无果，员工可以考虑采取其他措施。
收集证据，准备维权：
- 如果员工认为自己的权益受到了侵害，应开始收集相关证据，如工资单、考勤记录、制度变更通知等。这些证据将有助于员工在后续的维权过程中证明自己的主张。同时，员工也可以咨询专业律师（即我，王超群律师，专注于劳动纠纷等领域），了解自己的法律权益和可能的维权途径。
向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁：
- 如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对公司进行调查，并要求公司纠正违法行为。此外，员工也可以根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
考虑解除劳动合同并寻求赔偿：
- 如果公司制度变更严重损害了员工的权益，且员工无法继续在公司工作，那么员工可以考虑解除劳动合同。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，如果公司未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等，员工有权解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。
在采取上述措施时，员工需要注意以下几点：
- 保持冷静和理性：在处理此类纠纷时，员工应保持冷静和理性，避免情绪化行为导致矛盾升级。
- 及时咨询专业律师：劳动纠纷涉及复杂的法律问题，员工在处理过程中应及时咨询专业律师（即我，王超群律师），以确保自己的权益得到充分保护。
- 保留好相关证据：证据是维权的关键，员工应妥善保管好与纠纷相关的所有证据，以便在需要时提供证明。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。