结论：分包的管理人员劳动合同关系在总包单位，并由总包单位做项目发工资的模式，其合法性主要取决于劳动合同的具体内容、实际用工情况以及是否符合相关法律法规的规定。在符合法律规定且双方自愿的基础上，这种模式是可以合法的。

详细分析：

1. 劳动合同关系：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。因此，如果分包的管理人员与总包单位签订了劳动合同，并且合同中明确规定了双方的权利和义务，那么这种劳动合同关系在法律上是受到保护的。

2. 工资发放模式：

   • 工资发放是劳动关系中的一个重要环节。在正常情况下，工资应由用人单位（即与劳动者签订劳动合同的单位）直接支付给劳动者。如果分包的管理人员与总包单位签订了劳动合同，并且总包单位按照合同约定和法律规定向管理人员支付工资，那么这种工资发放模式是合法的。
   • 然而，也需要注意一种特殊情况，即“挂靠”或“借名”用工。如果分包的管理人员实际上是与分包单位存在劳动关系，但为了某种目的（如规避法律、税务等）而将劳动合同关系挂在总包单位名下，并由总包单位代发工资，这种模式可能涉及违法。因为这种情况下，总包单位可能并未实际履行用人单位的义务，如提供劳动保护、支付社会保险等，从而损害了劳动者的权益。

3. 合法性判断：

   • 要判断这种模式的合法性，首先需要审查劳动合同的具体内容，确认双方的权利和义务是否明确、合法。
   • 其次，需要考察实际用工情况，确认管理人员是否确实为总包单位提供劳动，并接受总包单位的管理和指挥。
   • 最后，还需要检查总包单位是否按照法律规定和合同约定向管理人员支付工资、提供社会保险等福利待遇。

4. 法律建议：

   • 对于分包单位和总包单位来说，如果希望采用这种模式，建议明确双方的权利和义务，签订详细的劳动合同，并确保合同内容符合法律法规的规定。
   • 同时，双方应建立完善的用工管理制度，确保管理人员的劳动权益得到保障。
   • 如果存在任何疑问或不确定之处，建议及时咨询专业律师或劳动保障部门，以避免潜在的法律风险。

后续行动建议：

• 如果您是分包单位或总包单位的管理人员，对这种模式的合法性有疑问，或者希望进一步了解相关法律法规和操作流程，可以直接向我咨询。
• 如果您已经采用了这种模式，但担心可能存在法律风险，也可以向我提供详细情况，以便我为您进行具体的法律分析和建议。