核心结论：公章被合作公司扣押，您可以通过协商、发送律师函、提起诉讼或向公安机关报案等方式解决，具体选择取决于扣押原因、双方合作关系及证据情况。以下是详细分析：

1. 协商解决（首选方式）

• 适用场景：若扣押系因合同纠纷、债务争议等民事原因，且双方仍有合作意愿。
• 操作建议：
  • 立即联系合作公司，明确要求返还公章，并书面记录沟通内容（如邮件、微信）。
  • 提出解决方案（如清偿债务、补充协议），争取通过和解方式取回公章。
• 法律依据：根据《民法典》第235条，无权占有不动产或动产的，权利人可请求返还原物。

2. 发送律师函（正式催告）

• 适用场景：协商无果，需通过法律文书施压。
• 操作建议：
  • 委托律师起草《律师函》，明确要求合作公司限期返还公章，并警告可能承担的法律责任（如侵权赔偿、行政处罚）。
  • 通过EMS邮寄（留存寄送凭证），增强法律效力。
• 效果：律师函具有正式性，可能促使对方主动归还，同时为后续诉讼固定证据。

3. 提起诉讼（终极手段）

• 适用场景：合作公司拒不返还，且公章被扣押已严重影响公司经营。
• 操作建议：
  • 案由选择：以“返还原物纠纷”或“侵权责任纠纷”为由起诉。
  • 证据准备：

       - 证明公章所有权（如公司章程、公章备案证明）；
       - 合作公司扣押公章的证据（如监控录像、证人证言、沟通记录）；
       - 公章被扣押导致的损失（如合同无法签署、经营停滞证明）。
    

  • 诉讼请求：要求返还公章，并赔偿因扣押造成的损失。
• 法律依据：根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应承担侵权责任。

4. 向公安机关报案（涉嫌违法时）

• 适用场景：合作公司通过非法手段（如盗窃、抢夺）扣押公章。
• 操作建议：
  • 立即向公安机关报案，提供扣押经过、现场证据（如监控、目击者）。
  • 若公安机关立案，可要求合作公司返还公章，并追究其刑事责任（如《刑法》第264条盗窃罪）。
• 注意：需区分“民事纠纷”与“刑事犯罪”，仅当对方行为涉嫌违法时适用。

5. 紧急措施：挂失并补办公章

• 适用场景：公章被扣押可能导致公司陷入经营风险（如被冒用签署合同）。
• 操作建议：
  • 立即向公安机关备案公章遗失，并登报声明作废；
  • 重新刻制公章，并通知合作方、客户及银行等机构变更印鉴。
• 风险：若原公章被合作公司冒用，公司可能需承担表见代理责任（如《民法典》第172条），但可通过报案记录、登报声明等证据减轻责任。

行动建议：

1. 优先通过协商或律师函解决，降低时间成本；
   
2. 若对方态度强硬，立即准备诉讼材料并同步挂失公章；
   
3. 过程中注意固定证据（如沟通记录、损失证明），避免因证据不足败诉。
   

如有进一步细节（如扣押原因、双方合同条款），可向我补充说明，我会为您定制更具体的解决方案。