结论：景区商户私自加品，在营业额中扣除罚款5000元是否合法合理，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规、合同条款来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款角度：

   • 如果景区与商户之间签订的合同中明确规定了商户不得私自加品，并且约定了相应的违约责任，包括罚款等，那么景区在商户违反合同规定时，按照合同约定扣除罚款可能是合法的。但罚款的数额应当合理，不能过高或过低，应与违约行为的性质、情节以及造成的损失相适应。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

2. 法律法规角度：

   • 如果景区扣除罚款的行为没有合同依据，而是基于景区自行制定的规章制度，那么需要审查这些规章制度是否合法有效。规章制度必须符合法律法规的规定，不能侵犯商户的合法权益，且应当经过民主程序制定并公示。
   • 特别提醒：即使规章制度合法有效，景区也不能随意对商户进行罚款。罚款属于行政处罚的一种，只有行政机关才有权实施。景区作为民事主体，无权对商户进行罚款，除非得到法律法规的明确授权或合同约定。

3. 合理性角度：

   • 除了合法性外，还需要考虑罚款的合理性。罚款的数额应当与商户的违约行为相适应，不能过高或过低。如果罚款数额过高，可能构成对商户的不公平对待；如果罚款数额过低，则可能无法起到惩罚和威慑的作用。
   • 建议：景区在制定罚款条款时，应当充分考虑商户的实际情况和违约行为的性质、情节等因素，确保罚款数额的合理性。

4. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，景区应当与商户进行充分沟通，明确告知商户不得私自加品以及违反规定的后果。如果商户违反了规定，景区应当按照合同约定或规章制度进行处理，并保留好相关证据。
   • 争议解决：如果商户对罚款有异议，景区应当与商户进行协商解决。如果协商不成，商户可以通过法律途径维护自己的合法权益。

总结与建议：景区商户私自加品，在营业额中扣除罚款5000元是否合法合理，需要结合合同条款、法律法规、合理性以及实际操作等多个角度进行综合判断。如果景区想要对商户进行罚款，应当确保有合同依据或法律法规的授权，并且罚款数额应当合理。如果商户对罚款有异议，建议双方进行协商解决或寻求法律途径解决争议。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。