结论：公司要求部门罚款全部由个人承担的做法，在绝大多数情况下是不合理的，且可能涉嫌违法。具体分析如下：

1. 罚款的合法性基础
   根据《行政处罚法》及《劳动合同法》相关规定，只有行政机关或法律授权的组织才有权对违法行为实施罚款。企业作为民事主体，无权自行设定罚款权，除非符合以下例外情形：

   • 规章制度合法性：若公司通过民主程序（如职工代表大会）制定规章制度，且内容不违反法律强制性规定（如罚款上限不得超过月工资的20%），可对员工违规行为进行经济处罚。但此类处罚需以员工存在重大过失或故意违规为前提。
     
   • 损失赔偿与罚款的区分：若员工因故意或重大过失给公司造成损失，公司可依据《工资支付暂行规定》要求赔偿，但需通过劳动仲裁或诉讼程序主张，而非直接罚款。

2. 部门罚款转嫁个人的合法性分析

   • 部门责任与个人责任的分离：若罚款是针对部门整体（如因部门违反行业监管规定被行政处罚），公司无权将部门责任转嫁至个人。部门作为组织体，其责任应由公司承担，再通过内部管理机制（如绩效考核、岗位调整）追究相关人员责任，而非直接罚款。
     
   • 个人过错与罚款的关联性：即使罚款因个人行为引发（如员工违规操作导致部门被罚），公司也需证明个人存在故意或重大过失，且罚款金额需与损失程度合理匹配。若公司无法证明个人过错，或罚款金额明显高于实际损失，可能构成克扣工资。

3. 员工权益保护路径

   • 协商与投诉：员工可首先与公司协商，要求提供罚款依据（如规章制度、损失证明等）。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，主张公司违法罚款。
     
   • 劳动仲裁：若公司已实际扣款，员工可申请劳动仲裁，要求返还罚款并赔偿损失。仲裁时需提供工资条、罚款通知等证据。
     
   • 诉讼救济：对仲裁结果不服的，可向法院提起诉讼，主张公司行为违反《劳动合同法》第38条（未及时足额支付劳动报酬），要求解除合同并支付经济补偿。

建议：若您面临此类情况，建议首先收集相关证据（如罚款通知、工资条、部门责任认定文件等），并依据上述路径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。