工程合同应当主要参照《中华人民共和国民法典》中关于合同的相关规定，而非已废止的《中华人民共和国合同法》。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律变迁与适用：

   • 在《中华人民共和国民法典》实施之前，《中华人民共和国合同法》是调整合同关系的主要法律。然而，自《中华人民共和国民法典》于2021年1月1日起施行后，《中华人民共和国合同法》同时废止。因此，在处理工程合同纠纷时，应主要依据《中华人民共和国民法典》的相关规定。

2. 民法典中关于合同的规定：

   • 《中华人民共和国民法典》合同编详细规定了合同的订立、效力、履行、变更和转让、权利义务终止以及违约责任等核心内容，这些规定同样适用于工程合同。工程合同作为合同的一种，其签订、履行、变更、解除等各个环节均应遵循民法典的相关规定。

3. 工程合同的特殊性：

   • 尽管工程合同需遵循民法典的一般规定，但由于其涉及工程建设这一特殊领域，因此还需考虑相关行业法规、规章及规范性文件的规定。例如，工程合同的签订可能需遵循《中华人民共和国招标投标法》等关于招投标程序的规定，以及工程建设领域的其他特定规范。

4. 法律适用建议：

   • 在处理工程合同纠纷时，首先应审查合同内容是否符合民法典的相关规定，特别是关于合同效力、履行、违约责任等方面的规定。
   • 同时，需关注工程合同是否涉及特定行业法规或规章的适用，以确保合同内容的合法性和有效性。
   • 若合同内容存在争议或不明确之处，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况提供针对性的法律建议。

5. 法律后果与风险提示：

   • 若工程合同违反民法典或相关行业法规的规定，可能导致合同无效或部分无效，从而给当事人带来法律风险和经济损失。
   • 因此，在签订和履行工程合同过程中，当事人应严格遵守法律法规的规定，确保合同内容的合法性和有效性，以降低法律风险。

综上所述，工程合同应当主要参照《中华人民共和国民法典》中关于合同的相关规定。在处理工程合同纠纷时，需综合考虑民法典的一般规定以及工程合同领域的特定规范，以确保合同内容的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。