综合工时制下离职工资的结算，需根据实际工作情况、劳动合同约定及法律规定综合判断，核心结论如下：

1. 正常工作期间的工资结算
   根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系解除时，用人单位应一次性结清劳动者工资。综合工时制下，若劳动者在离职前已完成标准工时周期（如周、月、季）内的工作，用人单位需按劳动合同约定的工资标准（含基本工资、岗位津贴等固定部分）全额支付。
   例如：若劳动者月工资为8000元，离职时已工作满整月，则应支付8000元，不受综合工时制影响。

2. 加班工资的结算规则
   综合工时制以周期（周、月、季、年）综合计算工作时间，超出部分视为加班：

   • 周期内总工时未超标准：无需支付加班费；
     
   • 周期内总工时超标准：超出部分按工资的150%支付加班费（工作日）；若涉及法定节假日工作，按300%支付。
     例如：季度综合工时制下，标准工时为500小时，劳动者实际工作520小时，超出20小时需按150%支付加班费；若其中5小时为法定节假日工作，则这5小时按300%支付。

3. 未休年休假工资的结算
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条，劳动者离职时，未休年休假天数按日工资收入的300%支付报酬（含用人单位已支付的正常工资，实际需额外支付200%）。
   例如：劳动者应休年休假5天，未休且日工资为400元，则需支付400×5×200%=4000元。

4. 经济补偿或赔偿金的结算（如适用）

   • 协商一致解除：按工作年限支付经济补偿（N倍月工资）；
     
   • 用人单位违法解除：需支付赔偿金（2N倍月工资）；
     
   • 劳动者主动离职：一般无需支付经济补偿，但若因用人单位未提供劳动条件、未足额支付工资等情形离职，可主张经济补偿。
     例如：工作3年的劳动者被违法解除，月工资8000元，则需支付8000×3×2=48000元赔偿金。

操作建议：

1. 核对劳动合同中关于综合工时制、工资结构、加班费计算方式的约定；
   
2. 整理考勤记录、工资条等证据，确认实际工作时长及已支付工资；
   
3. 若用人单位未依法结算，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   

如有具体数据或争议点，可进一步向我说明，我会结合细节为您分析。