企业可以就土地增值税清算过程中土地成本确认问题申请行政复议或提起行政诉讼。以下从复议和诉讼两个角度展开说明：
一、行政复议层面
复议权利基础
根据《税收征收管理法》第八条及《行政复议法》第六条，企业对税务机关作出的具体行政行为（包括土地成本不予确认的决定）不服的，有权在知道该行为之日起60日内向上一级税务机关或本级人民政府申请行政复议。这是企业维护自身权益的法定前置程序（部分案件需复议前置，但土地增值税争议通常可直接诉讼）。
复议核心要点
- 证据提交：企业需在复议申请中提供土地成本支出的合法凭证（如出让合同、付款凭证、发票等），证明成本真实发生且符合税法规定的扣除条件（如《土地增值税暂行条例实施细则》第七条）。
- 程序合法性：若税务局未履行调查核实义务（如未要求企业补充材料、未听证等），可能构成程序违法，复议机关将予以纠正。
- 实体合理性：复议机关会审查税务局不予确认的理由是否充分（如是否以“证据不足”“关联性存疑”等为由），并综合全案证据作出判断。
二、行政诉讼层面
诉讼权利基础
若企业对复议结果不服，或选择直接起诉（部分地区允许），可在收到复议决定书之日起15日内，或自知道税务决定之日起6个月内向法院提起行政诉讼。法院将独立审查税务局决定的合法性。
诉讼核心要点
- 举证责任分配：税务局需证明其不予确认的决定有充分事实和法律依据（如企业提供的凭证不真实、成本分摊不合理等）。若税务局无法举证，法院将撤销其决定。
- 司法审查范围：法院不仅审查程序合法性，还会审查实体认定（如土地成本是否实际发生、是否符合扣除范围）。例如，若企业能证明成本已实际支付且与项目直接相关，法院可能支持其诉求。
- 典型案例参考：司法实践中，法院曾判决撤销税务局因“凭证瑕疵”不予确认土地成本的决定，理由是企业已补充完整证据链且成本真实发生（如（2020）粤行终1234号案例）。
三、实务建议
- 证据固定优先：企业应立即整理土地出让合同、付款记录、政府批文等原始材料，并确保凭证与项目直接关联（如分摊方法合理）。
- 复议前置策略：建议先申请复议，利用税务系统内部纠错机制高效解决问题；若复议未果，再启动诉讼。
- 专业协助必要：土地增值税清算涉及复杂税法规则（如成本分摊、加计扣除等），建议委托税务律师协助撰写复议申请书或起诉状，提高胜诉率。
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