关于“不是房地产企业土地增值税要清算吗”的问题，答案是肯定的。非房地产开发企业在特定条件下，同样需要进行土地增值税的清算。

首先，我们要明确土地增值税的清算不仅仅是房地产开发企业的责任。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》的规定，任何转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，都是土地增值税的纳税义务人，都需要依法进行土地增值税的清算。

然而，在清算的具体过程中，非房地产开发企业和房地产开发企业可能会存在一些差异。例如，在扣除项目的确定上，《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条明确规定了房地产开发企业可以加计20%的扣除，而这一条款并不适用于非房地产开发企业。这意味着非房地产开发企业在计算土地增值税时，不能享受这20%的加计扣除。

此外，在清算的流程和注意事项上，非房地产开发企业也需要严格按照税收法律、法规及政策规定执行。这包括在规定时限内进行清算，确保提交的清算资料真实、准确、完整，积极配合税务机关的审核工作，以及遵守税收法律、法规及政策规定等。

总的来说，虽然非房地产开发企业在土地增值税清算上可能与房地产开发企业存在一些差异，但同样需要依法进行清算，以确保税收的公平性和准确性，促进房地产市场的健康有序发展。