土地增值税清算价格明显偏低时，法院的调解书可以作为认定存在正当理由的参考依据之一，但并非绝对。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与原则
根据《税收征管法》第三十五条的规定，纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额，其中包括“纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的”。这一条款明确了税务机关在纳税人申报价格明显偏低且无正当理由时，有权对计税依据进行调整。然而，对于“正当理由”的界定，法律并未给出具体的正列举条款，而是需要税务机关根据实际情况进行综合判断。
二、法院调解书的作用
证明交易背景：法院的调解书往往记录了交易双方达成协议的过程和原因，这些信息有助于税务机关了解交易背后的真实情况。如果调解书中明确说明了价格偏低的原因，且这些原因符合税务机关对“正当理由”的认定标准，那么调解书就可以作为认定存在正当理由的依据。
增强证据效力：与一般的书面说明或口头陈述相比，法院的调解书具有更高的法律效力。它代表了法院对交易双方争议的解决和确认，因此，在税务机关进行计税依据调整时，调解书可以作为更具说服力的证据。
三、正当理由的认定标准
在无明确文件判断的情况下，税务机关通常会综合以下条件来判断是否存在正当理由：
客观原因：如房屋的位置、光照、自然环境、噪声、房屋质量等客观因素导致的价格偏低，可以视为有正当理由。但这些因素需要足够证据资料支持，且仅靠单项客观因素不足以支撑明显偏低。
政府部门干预或社会影响力干预：如果能提供相应证据材料证明有政府部门干预或影响，如土地出让合同中明确约定的价格，那么可以视为有正当理由。
交易行为是否减少税款：虽然收入偏低对应的多数行为会相应减少税款，但这并不是认定无正当理由的唯一标准。税务机关还会考虑企业是否将避税作为该交易的唯一或者主要目的。
四、具体案例与启示
以某房地产开发项目为例，该项目中有偿还建的回迁房用于政府安置，销售价格明显低于企业同期同类房地产售价。然而，由于土地出让合同中已有明确约定，且该售价属于政府部门干预或影响的结果，因此税务机关认定该价格偏低存在正当理由，未对其进行调整。这一案例表明，在存在政府部门干预或合同约定的情况下，法院的调解书或相关合同文件可以作为认定存在正当理由的重要依据。
五、建议与注意事项
保留完整证据：在交易过程中，务必保留与交易价格相关的所有证据材料，包括合同、发票、调解书等。这些材料在税务机关进行计税依据调整时将起到关键作用。
及时沟通与解释：如果税务机关对交易价格提出质疑，应及时与其进行沟通并解释价格偏低的原因。同时，提供充分的证据材料支持自己的观点。
寻求专业帮助：在处理涉及土地增值税清算的复杂问题时，建议寻求专业律师或税务师的帮助。他们可以提供更具体、更专业的法律建议和税务筹划方案。
总结来看，虽然法院的调解书可以作为认定存在正当理由的参考依据之一，但具体是否被税务机关采纳还需根据实际情况进行综合判断。因此，在处理涉及土地增值税清算的问题时，务必保持谨慎并寻求专业帮助。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。