甲方撤诉后，税务局给甲方的土地增值税清算申报文件不能让乙方代为处理。下面我对此进行详细分析：
一. 税金纠纷的撤诉与税务文件处理
撤诉的法律效力：甲方以税金纠纷起诉乙方后撤诉，意味着甲方放弃了通过诉讼方式解决该税金纠纷的权利。撤诉是甲方对其诉讼权利的处分，但并不影响税务局对甲方税收事务的管理和监督。
税务文件处理的独立性：税务局给甲方的土地增值税清算申报文件，是税务局依法对甲方进行税收管理的重要文件。这份文件的处理，包括申报、缴纳等，都应由甲方按照税收法律法规的规定独立完成。
乙方代处理的法律风险：如果乙方代为处理甲方的税务文件，可能会涉及非法代理、偷税漏税等法律风险。这不仅可能损害甲方的合法权益，也可能给乙方带来不必要的法律纠纷和损失。
二. 法律依据
根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关税收法律法规的规定，纳税人应当按照法律、行政法规的规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。
同时，法律也明确规定，纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。任何单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
三. 我的观点
综上所述，甲方撤诉后，税务局给甲方的土地增值税清算申报文件不能让乙方代为处理。这是基于税收法律法规的严肃性和独立性，以及保护甲乙双方合法权益的考虑。我建议甲方应严格按照税收法律法规的规定，自行处理税务文件，避免涉及不必要的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。