关于您提出的“双方协议买农村房公证是否受法律保护”的问题，这确实是一个涉及多个法律层面的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、农村房屋买卖协议的法律效力基础
农村房屋买卖协议的法律效力，首先取决于协议本身是否符合法律、行政法规的强制性规定，以及是否违背公序良俗。根据《民法典》的相关规定，只要协议双方具备相应的民事行为能力，意思表示真实，且协议内容合法合规，那么该协议自成立时就具有法律效力。
二、公证在农村房屋买卖中的作用
增强证据力：
- 公证是由专业机构对合同的真实性、合法性进行证明的活动。经过公证的农村房屋买卖协议，在诉讼或仲裁中作为证据使用时，其证明力相对较高。法院或仲裁机构一般会直接采信公证内容，除非有相反证据足以推翻该项公证。
提高执行力：
- 公证过程中，公证机构会对协议条款进行细致审查，确保协议内容的合法性和双方的真实意愿。这有助于减少协议纠纷的发生，并在需要执行时提供有力的法律保障。
三、农村房屋买卖的特殊限制与公证的关联
同一集体经济组织成员间的买卖：
- 农村房屋所占用的土地多为集体土地，因此农村房屋的转让受到严格限制。通常，农村房屋只能在本集体经济组织成员之间进行转让。若双方属于同一集体经济组织成员，且协议内容合法合规，那么即使不公证，该协议也受法律保护。但公证可以进一步增强其证据力和执行力。
向本集体经济组织以外的人出售房屋：
- 若将农村房屋卖给本集体经济组织以外的人员，如城市居民，该协议可能会因违反相关法律法规而被认定为无效。在这种情况下，即使进行了公证，也无法改变协议无效的法律后果。
四、建议与总结
确保协议合法合规：
- 在签订农村房屋买卖协议前，务必确保协议内容符合相关法律法规和政策要求，特别是关于农村房屋转让的特殊限制。
考虑公证的益处：
- 尽管公证不是农村房屋买卖协议生效的必要条件，但考虑到公证能带来的增强证据力和提高执行力等益处，建议在条件允许的情况下尽量办理公证。
咨询专业律师：
- 农村房屋买卖涉及复杂的法律问题，建议在签订协议前咨询专业律师，对协议内容进行全面审查，并确保所有相关手续和审批均已完成。
综上所述，双方协议买农村房时，公证本身并不直接决定协议的法律效力，但公证可以增强协议的证据力和执行力。关键在于协议内容是否合法合规，以及是否符合农村房屋转让的特殊限制。因此，在签订协议前，请务必确保了解并遵守相关法律法规和政策要求。