针对您提出的问题“公司为了上个厕所罚款员工200合法吗”，我可以明确地告诉您，公司规章制度中设定上厕所超时罚款200元的条款是不合法的。以下是我为您详细分析的原因：
一、法律层面的分析
罚款权力的合法性：
- 罚款是行政处罚的一种，它只能由具有行政处罚权的行政机关或法律授权的组织来实施。公司作为民事主体，并不具备行政处罚权，因此无权对员工进行罚款。
上厕所行为的合理性：
- 上厕所是劳动者的基本生理需求，是维持正常工作状态所必需的活动。公司无理由对上厕所时间进行严格限制，并据此进行高额罚款，这显然是不合理的，也侵犯了劳动者的基本权益。
相关法律条文：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三条，劳动者享有休息休假及获得劳动安全卫生保护等基本权利，上厕所作为正常生理需求，应受到法律保护。
- 同时，《中华人民共和国劳动合同法》第四条也规定，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，需经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，确保规章制度的合法性与合理性。
二、公司规章制度层面的分析
规章制度的合法性与合理性：
- 公司若要对员工进行罚款，首先必须在合法制定且经过公示或告知员工的规章制度中有明确规定。然而，上厕所超时罚款这一条款显然缺乏合理性和合法性，因为它侵犯了劳动者的基本生理需求。
罚款的程序合法性：
- 即使公司有相关规章制度，罚款的执行也应严格按照规章制度的规定进行，不得随意变更罚款金额或扩大罚款范围。同时，罚款行为应有明确的记录，以便后续查证和监管。但在此情况下，由于罚款条款本身不合法，因此其执行程序也必然存在问题。
三、建议措施
员工权益保护：
- 若您遭遇此类不合理罚款，首先应与公司协商解决，要求退还罚款。如果协商不成，您可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
公司规章制度改进：
- 公司应重新审视其规章制度，确保符合法律法规要求，尊重员工的合法权益。对于提高工作效率的需求，公司应通过优化工作流程、提供必要的休息设施等合理、合法的方式进行引导和激励，而不是通过不合理罚款来强制员工遵守。
综上所述，公司规章制度中设定上厕所超时罚款200元的条款是不合法的。您有权拒绝支付此类不合理罚款，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。同时，我也建议公司重新审视其规章制度，确保符合法律法规要求，并尊重员工的合法权益。