在案件中存在两个嫌疑人，且部分事实清楚、部分事实不清的情况下，检察院是否起诉需分情况讨论：

1. 整体案件事实基本清楚，部分细节存疑

   • 若案件整体事实已达到”犯罪事实已经查清，证据确实、充分”的起诉标准（《刑事诉讼法》第176条），仅部分细节（如作案工具来源、赃款去向等）存在疑问，检察院通常会提起公诉。此时，事实不清的部分可能作为量刑情节或争议焦点在庭审中进一步审查，但不影响起诉决定。
   • 举例：两人共同盗窃，主犯供述完整，从犯承认参与但否认分赃，若主犯供述与其他证据（如监控、指纹）印证，检察院仍可起诉，分胃事实不清可能影响从犯量刑。

2. 关键事实涉及共同犯罪分工，且部分嫌疑人责任不清

   • 若事实不清的部分直接关联共同犯罪中的分工（如谁实施暴力、谁望风），或涉及主从犯认定，检察院可能分两种处理：
     • 对事实清楚的嫌疑人起诉：若某嫌疑人的犯罪行为已独立构成完整证据链（如单独实施暴力），可单独对其起诉；
     • 对全案暂缓起诉：若共同犯罪中关键事实（如谁提出犯意、谁组织策划）无法查清，可能影响定罪量刑，检察院可能要求公安机关补充侦查（《刑事诉讼法》第175条），若仍无法查清，可能作出不起诉决定。
   • 举例：两人涉嫌抢劫，一人承认持刀威胁，另一人否认参与，但无其他证据证明其参与，若持刀者行为已构成抢劫罪，检察院可单独起诉持刀者；若需证明两人共谋，则可能因证据不足暂缓起诉。

3. 部分嫌疑人事实不清，但另一嫌疑人事实清楚

   • 若两名嫌疑人中，一人的犯罪事实已查清（如甲承认盗窃，且有监控、赃物等证据），另一人的事实不清（如乙否认参与，且无直接证据），检察院可能：
     • 对事实清楚的嫌疑人起诉：甲单独构成盗窃罪，检察院可对其提起公诉；
     • 对事实不清的嫌疑人不诉：若乙的参与缺乏证据支持，检察院可能对其作出存疑不起诉决定（《刑事诉讼法》第177条）。
   • 例外：若乙的参与是甲定罪的关键（如甲辩称受乙指使），则乙的事实不清可能影响甲的定罪，此时检察院可能要求补充侦查或对全案暂缓起诉。

法律建议：

• 若您是嫌疑人或家属，建议尽快委托律师会见、阅卷，分析事实不清的部分是证据瑕疵还是根本无法证明，针对性制定辩护策略（如争取单独起诉、申请补充侦查或争取不起诉）。
• 若您是受害方，可向检察院提交补充证据（如证人证言、监控录像），推动检察院对事实清楚的嫌疑人起诉，并要求对事实不清部分继续侦查。

后续行动依据：

• 检察院起诉需满足”犯罪事实已经查清，证据确实、充分”的标准，若部分事实不清但不影响定罪，仍可起诉；若关键事实不清，则可能不起诉或要求补充侦查。
• 共同犯罪中，嫌疑人的责任需独立审查，部分嫌疑人事实不清不影响对其他嫌疑人的处理。

如有具体案情或证据材料，可进一步向我咨询，我会结合细节分析起诉可能性及辩护方向。