结论：证据存疑时，检察机关会作出不予起诉的决定，这意味着根据现有证据无法证明犯罪嫌疑人的行为构成犯罪，因此嫌疑人并未被确认有罪。

一、定义与核心要点

存疑不起诉，又称证据不足不起诉，是检察机关在审查起诉阶段，根据现有证据无法证明犯罪嫌疑人行为构成犯罪时，依法作出的不提起公诉决定。其核心在于证据链条不完整或存在重大矛盾，导致案件事实无法达到法定证明标准。

二、法律依据

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条的规定：“对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”这一条款明确规定了证据不足时检察机关的处理方式。

三、适用条件

存疑不起诉的适用条件主要包括：

1. 关键证据缺失：如缺乏直接证据（目击证人、监控录像等），间接证据无法形成完整链条；
2. 证据真实性存疑：物证来源不明、书证被篡改、证人证言前后矛盾；
3. 合理怀疑无法排除：存在其他可能性且无法通过补充侦查消除。

示例：在某盗窃案中，现场指纹模糊无法比对，监控仅拍到嫌疑人背影，且无赃物下落。此时，若无法补强证据，则可能因证据不足作出不起诉决定。

四、法律后果

1. 对嫌疑人：视为未经历刑事审判，无犯罪记录。这意味着嫌疑人的名誉和权利不会因未被确认的犯罪行为而受到损害。
2. 对被害人：可申请复议复核，或通过民事诉讼索赔。被害人如果认为检察机关的决定有误，可以通过法律途径寻求救济。
3. 后续影响：新证据出现后可重新立案，但需注意追诉时效。如果未来发现了新的证据，能够证明嫌疑人的犯罪行为，那么案件可以重新立案进行侦查和起诉。

五、与其他不起诉类型的区别

六、实践意义

1. 保障人权：避免冤假错案，防止无辜者受罚。存疑不起诉制度体现了对嫌疑人权利的尊重和保护。
2. 司法审慎：体现“疑罪从无”原则，维护程序正义。在证据不足的情况下，检察机关不会轻易提起公诉，而是选择更为审慎的处理方式。
3. 效率平衡：及时终结证据不足的诉讼，节约司法资源。存疑不起诉制度有助于避免无谓的诉讼消耗，使司法资源能够更加合理地分配和使用。

总结与建议：证据存疑时，检察机关会依法作出不予起诉的决定，这是保障嫌疑人权利、维护司法公正的重要制度。如果您或您身边的人遇到了类似的情况，或者有任何关于刑事案件的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。