结论：在犯罪事实清楚、证据确实充分的情况下，检察院原则上应当提起公诉，但也存在不起诉的特殊情形。以下是对此问题的详细分析：

一、检察院的公诉职责与不起诉的例外

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，检察院作为国家的法律监督机关，承担着对犯罪行为提起公诉、维护社会公共利益的职责。在犯罪事实清楚、证据确实充分的情况下，检察院通常应当依法提起公诉，以追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

然而，法律也赋予了检察院在特定情况下不起诉的裁量权。这主要体现在以下几种情形中：

1. 法定不起诉：

   • 根据《刑事诉讼法》第十六条，有下列情形之一的，检察院应当作出不起诉决定：
     • 情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
     • 犯罪已过追诉时效期限的；
     • 经特赦令免除刑罚的；
     • 依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
     • 犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
     • 其他法律规定免予追究刑事责任的。

2. 酌定不起诉：

   • 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。这通常适用于那些犯罪情节较轻、社会危害性不大，且犯罪嫌疑人认罪态度好、有悔罪表现的案件。

3. 证据不足不起诉：

   • 对于二次补充侦查的案件，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。但这种情况与用户问题中“犯罪事实清楚、证据确实充分”的前提不符，因此在此不作详细讨论。

二、犯罪事实清楚、证据确实充分时的处理

在犯罪事实清楚、证据确实充分的情况下，检察院通常应当提起公诉。这是因为，此时已经具备了追究犯罪嫌疑人刑事责任的充分条件，提起公诉是维护社会公共利益、打击犯罪行为的必要手段。

然而，即使在这种情况下，如果检察院认为存在上述法定不起诉或酌定不起诉的情形，仍然可以依法作出不起诉决定。例如，如果犯罪嫌疑人具有自首、立功等法定从轻、减轻或者免除处罚的情节，且犯罪情节轻微，检察院可能会考虑作出酌定不起诉决定。

三、法律建议与后续行动

1. 对于犯罪嫌疑人：

   • 如果认为自己符合不起诉的条件，可以积极向检察院提交相关证据和材料，争取不起诉的结果。
   • 同时，也可以寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。

2. 对于被害人：

   • 如果认为检察院应当提起公诉而未提起，可以向上一级检察院申诉，要求提起公诉。
   • 也可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律救济途径。

最后，在犯罪事实清楚、证据确实充分的情况下，检察院原则上应当提起公诉。但法律也赋予了检察院在特定情况下不起诉的裁量权。因此，具体案件的处理结果还需根据案件的具体情况和法律规定来综合判断。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。