结论：违纪解除劳动关系时，仅发解除通知书且员工签收并不完全等同于与员工签订了解除协议，两者在法律效果和风险防控上存在差异。建议用人单位在可能的情况下，尽量与员工签订解除协议，以明确双方权利义务，减少潜在法律风险。
分析说明：
解除通知书的法律性质：
- 解除通知书是用人单位单方面向员工发出的，表明解除劳动关系意思表示的书面文件。它主要起到通知的作用，告知员工劳动关系已被解除，并可能包含解除的原因、时间等关键信息。
- 员工签收解除通知书，仅表明其收到了该通知，并不意味着其同意或认可解除的原因、条件等所有内容。
解除协议的法律性质：
- 解除协议是用人单位与员工双方就解除劳动关系事宜达成的合意，是双方意思表示一致的产物。它通常包含解除的原因、时间、经济补偿、保密义务、竞业限制等条款，对双方均具有法律约束力。
- 签订解除协议，可以明确双方的权利义务，避免后续因解除劳动关系而产生的争议和纠纷。
仅发解除通知书的法律风险：
- 如果仅发解除通知书而未与员工签订解除协议，员工可能对解除的原因、条件等提出异议，进而引发劳动争议。
- 在劳动争议中，用人单位需要承担举证责任，证明其解除劳动关系的合法性和合理性。如果无法提供充分证据，可能面临败诉的风险。
签订解除协议的优势：
- 签订解除协议可以明确双方的权利义务，减少后续争议和纠纷的可能性。
- 解除协议中可以约定经济补偿、保密义务、竞业限制等条款，保护用人单位的合法权益。
- 签订解除协议也是用人单位履行法定程序、体现诚信原则的重要表现，有助于提升用人单位的社会形象和信誉度。
特殊场景：
- 在某些情况下，如员工严重违纪且证据确凿，用人单位可能认为无需与员工签订解除协议即可直接解除劳动关系。然而，即使在这种情况下，签订解除协议仍然是一个更好的选择，因为它可以进一步明确双方的权利义务，避免后续争议。
- 如果员工拒绝签订解除协议，用人单位应确保解除通知书的合法性和合理性，并保留好相关证据，以应对可能出现的劳动争议。
行动建议：
- 用人单位：在违纪解除劳动关系时，应尽量与员工签订解除协议，明确双方权利义务。如果员工拒绝签订，应确保解除通知书的合法性和合理性，并保留好相关证据。
- 员工：如果收到解除通知书，应仔细阅读其内容，了解解除的原因、时间等关键信息。如有异议，应及时与用人单位沟通或寻求法律援助。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条：劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：……（二）严重违反用人单位的规章制度的；……。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第五十条：用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。……。虽然该条款未直接规定解除协议，但强调了用人单位在解除劳动关系时的义务，签订解除协议可以视为用人单位履行该义务的一种方式。