公司入职体检要求查乙肝是否合法，需根据具体情况分析：
一般情况下的不合法性：
- 根据劳动和社会保障部、卫生部2007年发布的《关于维护乙肝表面抗原携带者就业权利的意见》，以及后续相关通知，用人单位在招、用工过程中，除国家法律、行政法规和卫生部规定禁止从事的工作外，不得强行将乙肝病毒血清学指标作为体检标准。这意味着，在普通入职体检中，公司未经员工同意擅自检查乙肝相关项目，可能构成违规，侵犯员工的隐私权等相关权利。
- 入职体检的主要目的是确保员工的健康和适应能力，以减少因健康问题导致的工作事故和生产效率下降。常规体检项目应聚焦于与工作直接相关的健康指标，如基本生理指标、血常规、尿常规、肝功能（但非乙肝专项）、肾功能、心电图等。乙肝检测通常不属于这些常规项目。
特殊职业情况下的合法性：
- 然而，对于某些特定职业，如食品生产经营、饮用水生产供应、公共场所服务、托幼机构保育等，由于这些职业直接涉及公共卫生安全，相关法律法规可能要求员工进行乙肝项目检测。在这些特定职业的入职体检中，公司要求检查乙肝项目是符合规定的，但仍需确保检查过程的合法性、公正性，并严格保密检查结果，以保护员工的个人隐私权。
公司应遵守的法律原则与操作建议：
- 合法性原则：公司在进行任何形式的乙肝检查时，都应严格遵守国家法律法规，确保检查行为的合规性。不得擅自扩大检查范围或增加不必要的检查项目。
- 知情同意原则：如需进行乙肝检查，公司应事先征得员工的明确同意，并告知检查的目的、范围以及结果的保密措施。员工有权拒绝非必要的乙肝检查，并应得到公司的尊重和理解。
- 隐私保护原则：公司应建立健全的隐私保护机制，确保员工的个人信息不被泄露或滥用。对于乙肝检查结果等敏感信息，应采取严格的保密措施，仅限于必要的人员知晓，并不得用于非法目的。
若劳动者认为公司在入职体检中存在不合法行为，可采取以下措施：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，表达自己的诉求和担忧，寻求双方都能接受的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并保护劳动者的合法权益。
- 法律途径：在必要时，劳动者还可以通过法律途径维护自己的权益，如提起劳动争议仲裁或诉讼等。
总结与建议：公司入职体检要求查乙肝是否合法，需根据具体职业和法律法规来判断。在一般情况下，未经员工同意擅自检查乙肝项目可能构成违规；但在特定职业中，如涉及公共卫生安全，相关法律法规可能要求进行乙肝检测。无论何种情况，公司都应严格遵守法律法规，尊重员工的权益和隐私保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。