农村集体土地使用证超过二十年，一般是可以提起行政诉讼的，但具体还需结合实际情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、行政诉讼的基本条件

行政诉讼是公民、法人或其他组织认为行政机关的行政行为侵犯其合法权益时，依法向人民法院提起的诉讼。要提起行政诉讼，通常需要满足以下条件：

1. 存在行政行为：即行政机关已经作出了某个具体的行政行为，如颁发土地使用证。
2. 行政行为侵犯合法权益：该行政行为对公民、法人或其他组织的合法权益造成了实际影响或损害。
3. 在法定期限内提起：根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，公民、法人或其他组织应当在知道行政机关作出行政行为之日起六个月内提起行政诉讼（法律另有规定的除外）。对于涉及不动产的行政行为，从作出之日起超过二十年，人民法院不予受理，但这一规定主要针对的是行政机关未作出行政行为或公民、法人等不知情的情况，若已知情且存在争议，则不受此二十年最长保护期的严格限制，但仍需注意一般诉讼时效。不过，若从行政行为作出后，公民、法人等一直未知晓其权益受侵害，且该行政行为持续存在影响，那么在知晓后仍可依法提起诉讼，只是需考虑诉讼时效的中断、延长等情形。

二、农村集体土地使用证超过二十年的情况

1. 土地使用证的有效性：农村集体土地使用证是行政机关颁发的，证明土地使用者对特定土地享有使用权的法律文件。其有效性通常取决于颁发时的合法性和后续是否依法进行变更或注销。
2. 超过二十年的影响：如果土地使用证已经颁发超过二十年，但土地使用者一直依法使用土地，且没有发生导致土地使用权变更或注销的法定情形，那么该土地使用证仍然有效。然而，如果土地使用者与行政机关之间就土地使用权的归属、范围、期限等存在争议，且该争议一直未得到解决，那么土地使用者仍然有权依法提起行政诉讼。
3. 诉讼时效的考虑：虽然行政诉讼有法定的起诉期限，但如果土地使用者能够证明其一直不知道行政机关的行政行为（如颁发土地使用证）侵犯了其合法权益，或者由于不可抗力或其他正当理由耽误了起诉期限，那么根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，起诉期限可以依法延长或中断。

三、实际操作建议

1. 收集证据：在提起行政诉讼前，土地使用者应当收集相关证据，如土地使用证、土地使用协议、缴费凭证等，以证明其土地使用权的合法性和行政机关行政行为的违法性。
2. 咨询专业律师：由于行政诉讼涉及复杂的法律程序和实体问题，建议土地使用者在提起诉讼前咨询专业律师，以了解具体的诉讼策略和风险。
3. 依法提起诉讼：在准备好相关证据和诉讼材料后，土地使用者应当依法向有管辖权的人民法院提起行政诉讼，并按照法院的要求参加诉讼活动。

总结来说，农村集体土地使用证超过二十年并不意味着不能提起行政诉讼。关键在于土地使用者是否能够证明行政机关的行政行为侵犯了其合法权益，以及是否在法定期限内（或依法可延长的期限内）提起了诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。