结论：劳动合同中明确约定赔偿条款扣除所有工资，这一做法是否合理，需分情况讨论，一般情况下是不合理的，但特定情形下可能被视为合理。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下的不合理性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定由劳动者承担违约金的情形仅限于两种：一是服务期约定，二是竞业限制约定。除此之外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
- 若劳动合同中的赔偿条款并非基于上述两种情形，而是泛泛地约定劳动者需承担因违约或过错导致的所有损失，并扣除所有工资作为赔偿，这种约定往往被视为违法，因为工资是劳动者的基本生活来源，扣除所有工资可能严重影响劳动者的基本生活。
合理性分析：
- 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，是劳动者及其家庭生活的主要经济来源。若因一次违约或过错就扣除所有工资，显然对劳动者过于苛刻，不符合公平原则。
- 合理的赔偿条款应明确赔偿的范围、计算方式和限额，确保劳动者的基本生活不受影响。例如，可以约定赔偿金额不超过劳动者当月工资的一定比例，或者约定在劳动者承担赔偿责任后，用人单位应支付剩余工资等。
二、特定情形下的合理性
服务期约定：
- 若用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并约定了服务期，劳动者在服务期内离职的，用人单位可以要求劳动者支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 在这种情况下，若劳动合同中明确约定了因劳动者违反服务期约定而需扣除的工资作为违约金的一部分，且该约定符合上述限制条件，则可能被视为合理。
竞业限制约定：
- 若用人单位与劳动者约定了竞业限制条款，劳动者在竞业限制期限内违反约定的，用人单位可以要求劳动者支付违约金。
- 同样地，若劳动合同中明确约定了因劳动者违反竞业限制约定而需扣除的工资作为违约金的一部分，且该约定符合相关法律法规的规定，则也可能被视为合理。
三、法律建议
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于赔偿和违约金的约定。若发现不合理或违法的条款，应及时与用人单位协商修改或拒绝签订。
- 若因用人单位的违法行为导致工资被扣除，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 在制定劳动合同条款时，应遵守相关法律法规的规定，确保条款的合法性和合理性。
- 若需约定赔偿条款或违约金条款，应明确赔偿的范围、计算方式和限额，并确保不违反法律法规的强制性规定。
总结：劳动合同中明确约定赔偿条款扣除所有工资，在一般情况下是不合理的。但在特定情形下，如服务期约定或竞业限制约定中，若符合相关法律法规的规定，则可能被视为合理。因此，在签订劳动合同时，双方应仔细阅读合同条款，确保条款的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。