结论：行政行为经法院确认违法后，如果该行政行为同时构成犯罪的，应当另行追究刑事责任。这一过程涉及多个法律程序和机关的协同配合，以下从不同角度进行详细分析：
一、判断是否存在刑事犯罪线索
行政行为违法可能蕴含刑事犯罪的可能，这取决于行政行为的具体性质和后果。例如，贪污受贿、滥用职权、玩忽职守等导致严重后果的行为，就可能同时构成行政违法和刑事犯罪。以土地征收为例，如果行政人员在征收过程中收受贿赂、违规办理手续，并造成重大损失，那么该行为就可能同时触犯受贿罪和滥用职权罪。
二、移送犯罪线索
行政机关内部移送：
- 当行政机关发现违法行为且存在犯罪线索时，有责任将线索移送至有管辖权的司法机关，如公安机关或监察机关。这是行政机关履行其法定职责的一部分，也是确保刑事犯罪得到及时追究的重要环节。
- 例如，市场监管部门在检查中发现工作人员在企业资质审批中违规操作，并可能涉及受贿行为，那么市场监管部门就应当将这一线索移交给监察机关进行进一步调查。
当事人申请移送或直接举报：
- 当事人如果认为行政行为违法背后存在刑事犯罪，可以向行政机关提出移送申请，或者直接向公安机关、监察机关举报，并提供相关证据材料。这是当事人维护自身合法权益的重要途径。
三、司法机关立案侦查
公安机关立案侦查：
- 公安机关收到移送或举报线索后，会进行初步审查。如果认为有犯罪事实需要追究刑事责任，就会予以立案，并展开全面侦查，包括调查取证、询问证人等。
- 例如，在上述土地征收案例中，如果公安机关认为行政人员的行为可能构成受贿罪和滥用职权罪，就会立案侦查，收集相关证据。
监察机关立案调查：
- 对于公职人员的职务犯罪线索，监察机关负责立案调查。监察机关会采取谈话、讯问、查询、冻结等措施，以确定犯罪行为及具体情况。
- 例如，在上述市场监管部门案例中，如果监察机关认为工作人员的行为构成受贿罪，就会立案调查，并采取相应的调查措施。
四、审查起诉与审判
审查起诉：
- 侦查终结后，公安机关或监察机关认为犯罪事实清楚、证据确实充分，就会将案件移送人民检察院审查起诉。检察院会对案件进行全面审查，判断是否符合起诉条件。
审判：
- 人民检察院提起公诉后，法院会对案件进行审理。根据查明的事实和证据，法院会依法对被告人作出有罪或无罪判决。如果被告人被认定有罪，法院会根据犯罪性质、情节及社会危害程度，判处相应的刑罚，包括主刑（如管制、拘役、有期徒刑等）和附加刑（如罚金、剥夺政治权利等）。
五、注意事项
- 在整个过程中，必须严格遵守法律程序和规定，确保案件的公正、公平处理。任何违反法律程序的行为都可能导致案件处理结果的不公正。
- 对于涉及国家秘密、个人隐私等敏感信息的案件，需特别注意保护信息安全和保密性。这是维护国家安全和个人隐私的重要要求。
总结与建议：行政行为经法院确认违法后，如果同时构成犯罪，应当另行追究刑事责任。这一过程涉及多个法律程序和机关的协同配合，需要严格遵守法律程序和规定。如果您遇到类似情况，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自身合法权益。