企业未执行劳动保障监察限期改正指令书的，劳动保障行政部门将依法采取进一步强制措施，企业可能面临行政处罚、信用惩戒甚至司法强制执行，具体处理流程及法律后果如下：

1. 行政处罚程序启动
   根据《劳动保障监察条例》第三十条，企业拒不履行限期改正指令的，劳动保障行政部门可处以2000元以上2万元以下罚款。若违法行为涉及拖欠工资、未缴社保等，可能按实际违法金额的1-5倍追加处罚（如《保障农民工工资支付条例》第五十四条）。
   关键点：处罚决定需经立案、调查取证、告知陈述申辩权、作出处罚决定等法定程序，企业有权申请行政复议或提起行政诉讼。

2. 信用惩戒与联合监管
   企业拒不改正的行为将被录入劳动保障守法诚信档案，并通过国家企业信用信息公示系统向社会公示。根据《重大劳动保障违法行为社会公布办法》，严重违法行为可能被省级人社部门向社会公开，影响企业招投标、政府采购、融资贷款等经营活动。
   典型案例：某建筑公司因拖欠工资拒不整改，被列入“黑名单”后，三年内禁止参与政府投资项目投标。

3. 申请法院强制执行
   若企业仍不履行，劳动保障行政部门可依据《行政强制法》第五十三条，自期限届满之日起三个月内向法院申请强制执行。法院审查后，可采取查封、扣押、冻结财产等措施，甚至直接划拨企业账户资金。
   执行依据：需提供《限期改正指令书》《行政处罚决定书》及送达回证等证据材料，证明企业已收到指令且未履行。

4. 刑事责任风险（极端情形）
   若企业行为涉嫌拒不支付劳动报酬罪（《刑法》第二百七十六条之一），经政府有关部门责令支付仍不支付的，可能面临三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
   立案标准：以转移财产、逃匿等方法逃避支付，或有能力支付而不支付，数额较大（通常为拖欠工资总额的50%以上且达当地月最低工资标准8倍）。

企业应对建议：

• 收到指令书后，立即核对违法事实，若对内容有异议应在3个工作日内提出书面陈述申辩；
  
• 若确认违法，应在指定期限内完成整改（如补发工资、补缴社保），并保留支付凭证、整改报告等证据；
  
• 拒不整改将导致处罚升级，建议优先通过协商或申请行政复议化解争议，避免进入司法程序。
  

劳动者维权提示：
若企业未执行指令书，劳动者可向劳动保障行政部门催办执行，或直接向法院申请支付令（《劳动合同法》第三十条）。如涉及群体性欠薪，可向当地法律援助机构申请免费律师协助。