如果对不合理的绩效考核有异议，是否补发工资需分情况讨论：

1. 绩效考核制度本身违法或显失公平
   若公司制定的绩效考核制度违反《劳动合同法》第四条规定的民主程序（如未与职工代表或工会协商），或考核标准明显不合理（如设定员工无法完成的任务指标），导致工资被克扣，员工有权要求补发工资。此时需通过劳动仲裁主张权利，需提供证据证明制度违法或考核结果不公正（如考核表、同事证言等）。

2. 绩效考核结果存在程序瑕疵
   若考核流程违反公司规章制度（如未告知考核标准、未给予员工申诉机会），或考核者存在主观恶意（如针对特定员工恶意打低分），员工可主张考核结果无效，要求按实际工作情况补发工资。此时需重点举证程序违法性（如邮件记录、录音等）。

3. 工资结构中绩效工资占比合法但考核争议
   若劳动合同明确约定工资包含绩效部分，且考核制度合法，但员工对考核结果有异议（如认为评分与实际贡献不符），需区分情况：

   • 公司能证明考核合理性：如提供量化数据、客户评价等证据，则无需补发；
     
   • 公司无法证明合理性：如仅凭主观评价扣减工资，员工可主张补发，但需承担初步举证责任（如证明工作量达标）。

行动建议：

1. 立即书面提出异议（保留邮件或书面记录），要求公司复核考核结果；
   
2. 收集证据（如工作记录、同事证言、制度文本等）；
   
3. 若公司拒绝补发，可在1年内申请劳动仲裁，主张补发工资及可能的经济补偿金。
   

法律依据：

• 《劳动合同法》第三十条（工资支付义务）
  
• 《劳动争议调解仲裁法》第六条（举证责任分配）
  
• 《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十四条（绩效考核争议处理）
  

如有具体考核文件或工资条等材料，可进一步分析风险点。