结论前置：考核不合格是否可以扣绩效工资，主要取决于公司是否有合法有效的规章制度或劳动合同作为依据，以及绩效考核程序是否公正、合理且得到有效执行。以下是对此问题的详细分析：

一、合法扣除绩效工资的情况

1. 规章制度与劳动合同的明确规定
   • 规章制度：公司必须拥有经过民主程序制定且已向员工公示的规章制度，该制度应明确规定绩效考核的标准、流程以及绩效奖金与考核结果的对应关系。民主程序通常包括职工代表大会讨论、工会协商等，并确保员工通过有效方式（如邮件、员工手册、培训确认等）知悉相关规定。
   • 劳动合同：劳动合同中亦应明确约定绩效奖金的发放条件与绩效考核结果挂钩，并详细说明考核不合格时的具体扣除方式。这样的合同条款为双方提供了明确的预期和约束。

举例：若公司规章制度中明确规定“季度考核不达标者，绩效奖金按50%发放”，且该制度已经民主程序通过并公示，同时劳动合同中也有相应约定，那么公司因员工考核不合格而扣除部分绩效奖金是合法的。

1. 考核程序的公正性与合理性
   • 绩效考核程序应确保标准清晰、过程客观公正，并有充分的证据支撑考核结果。考核结果应及时向员工反馈，以便员工了解自身表现并有机会提出异议。

举例：公司采用客观的量化指标进行考核，如销售额、客户满意度等，且考核过程有详细的记录和证据支持，考核结果也及时告知了员工，那么基于这样的考核结果扣除绩效奖金是合理的。

二、不合法扣除绩效工资的情况

1. 缺乏制度依据或合同约定

   • 若公司既未在规章制度中明确绩效奖金与绩效考核的关联及扣除规则，也未在劳动合同中作出相关约定，则随意以绩效考核不合格为由扣除绩效奖金是不合法的。员工有权要求公司足额发放绩效奖金。

2. 制度或合同内容不合法

   • 即使存在相关制度或合同约定，但其内容若违反法律法规（如扣除比例过高、未提前告知员工等），则这些条款本身即不具备法律效力，公司据此扣除绩效奖金同样是不合法的。

举例：公司规章制度中规定“考核不合格者，扣除全部绩效奖金”，但这样的规定可能因扣除比例过高而被认定为不合法，员工有权要求公司按照合法比例发放绩效奖金。

1. 考核程序存在问题
   • 如果绩效考核程序存在严重问题，如标准模糊不清、过程缺乏客观公正性、结果未有效反馈等，导致考核结果不具有可信度，那么公司基于这样的考核结果扣除绩效奖金也是不合法的。

三、员工权益保护

在面对公司不合理扣除绩效奖金的情况时，员工可以通过多种途径维护自己的合法权益：

1. 与公司进行协商：首先尝试与公司进行沟通，寻求和解，了解公司扣除绩效奖金的具体原因和依据。

2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求介入调查并维护自己的合法权益。

3. 申请劳动仲裁：员工还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律程序解决争议。

4. 提起诉讼：在必要时，员工还可以向人民法院提起诉讼，要求公司足额发放绩效奖金并承担相应的法律责任。

总结与建议：公司在扣除员工绩效奖金时必须严格遵守相关法律法规和规章制度，确保考核程序的公正性和合理性。员工也应了解自己的权益和维权途径，以便在必要时采取适当措施保护自己的合法权益。如果您在绩效工资扣除方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。