村工程中签订劳务协议是否合法，主要取决于双方关系的实质以及协议内容是否符合法律规定。以下从不同角度为你详细分析：
合法情形
双方真实意思表示且不违反法律法规：
- 在村工程中，如果农民工与用工单位或个人在平等、自愿的基础上，就劳务内容、劳务报酬、劳务期限等条款达成一致，并签订劳务协议，且该协议内容不违反法律法规的强制性规定，那么这样的劳务协议是合法的。例如，村里的某个小型建设项目，农民工与项目负责人就具体的施工任务、报酬等达成一致，并签订了劳务协议，这种情况下协议是有效的。
属于劳务关系的范畴：
- 劳务关系是指提供劳务一方为接受劳务一方提供劳务服务，接受劳务一方按照约定支付报酬的民事法律关系。对于村工程中一些临时性、短期性、一次性的工作，如果这些工作不属于劳动关系调整范畴，那么签订劳务协议是合适的。比如，农民工受雇于村里某户人家进行房屋修缮，工作完成后即结算报酬，这种情况下双方形成劳务关系，签订劳务协议合法有效。
不合法情形
存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果在签订劳务协议过程中，一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立协议，那么该协议是可撤销的。例如，用工方欺骗农民工说工程规模大、报酬高，但实际工程规模小、报酬低，这种情况下农民工可依法申请撤销协议。
协议内容违反法律法规强制性规定：
- 如果劳务协议中约定的工作内容涉及违法犯罪活动，或者约定的报酬低于当地最低工资标准且不符合劳务报酬合理范围等，这样的协议因违反法律法规而无效。比如，劳务协议中约定农民工从事非法采矿工作，该协议因违反矿产资源管理等相关法律法规而无效。
名为劳务协议，实为劳动关系：
- 在村工程中，如果用人单位为了规避劳动法律法规对劳动者的保护，与农民工签订劳务协议，但实际上农民工提供的劳动是用人单位业务的组成部分，且接受用人单位的管理和监督，那么这种情况下即使签订的是劳务协议，也可能被认定为劳动关系，该协议因此不符合法律规定。例如，建筑公司承包了村里的某个建设项目，招聘农民工在其工地上长期、稳定地从事建筑施工工作，虽然签订的是劳务协议，但实际上双方形成了劳动关系。
农民工的权益保障建议
明确关系性质：农民工在签订劳务协议前，应仔细了解协议内容，明确自己与用工单位之间是劳务关系还是劳动关系。如果实际存在劳动关系，应当要求签订正式的劳动合同，而不是劳务协议，因为劳动合同能够更全面地保障劳动者的权益。
要求合理报酬：农民工应确保劳务协议中约定的报酬不低于当地最低工资标准，且符合劳务报酬的合理范围。如果用工单位拒绝支付合理报酬，农民工有权通过法律途径维护自己的权益。
保留证据：在签订和履行劳务协议过程中，农民工应保留好相关证据，如协议文本、工作记录、报酬支付凭证等，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
寻求法律帮助：如果农民工在签订或履行劳务协议过程中遇到问题，或者认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
综上所述，村工程中签订劳务协议的合法性取决于双方关系的实质和协议内容是否符合法律规定。农民工在签订协议前应仔细了解协议内容，确保自己的权益得到保障。