民事公益诉讼案件在特定情况下是可以指定管辖的。以下是对这一问题的详细分析：
一、指定管辖的法律依据
根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百八十三条的规定：“公益诉讼案件由侵权行为地或者被告住所地中级人民法院管辖，但法律、司法解释另有规定的除外。…必要时由它们的共同上级人民法院指定管辖。”这一条款明确规定了公益诉讼案件在特定情况下可以由上级人民法院指定管辖。
二、指定管辖的适用情形
跨区域管辖需求：在跨行政区域的环境污染、生态破坏等案件中，为避免地方保护主义，确保案件公正审理，上级法院可能会根据案件实际情况，将案件指定给更合适的法院审理。例如，当侵权行为地或被告住所地法院因某种原因（如与案件有利害关系、可能影响公正审理等）不宜行使管辖权时，上级法院可以指定其他法院管辖。
案件复杂性与社会影响：对于涉及重大、复杂、社会影响广泛的民事公益诉讼案件，上级法院可能会根据案件的具体情况，指定更高级别的法院（如高级人民法院或最高人民法院）或具有专门审判经验的法院（如海事法院）进行审理，以确保案件得到公正、高效的审理。
管辖权争议解决：当多个法院对同一民事公益诉讼案件均认为有管辖权，且无法达成一致意见时，共同上级法院可以指定其中一个法院行使管辖权，以解决管辖权争议。
三、指定管辖的实际操作
在实际操作中，指定管辖通常由上级法院根据下级法院的请示或申请进行。下级法院在认为案件需要指定管辖时，会向上级法院提交书面请示或申请，说明案件的基本情况、需要指定管辖的理由等。上级法院在审查后，会作出是否指定管辖的决定，并通知相关法院。
四、案例说明
假设某地区发生了一起跨行政区域的环境污染事件，多个地区的法院均认为对案件有管辖权。在这种情况下，共同上级法院（如省级高级人民法院）可能会根据案件的实际情况和审理需要，指定其中一个地区的法院（如环境污染事件发生地的中级人民法院）行使管辖权，以确保案件得到公正、高效的审理。
五、建议与注意事项
及时咨询专业律师：在面临民事公益诉讼案件时，建议及时咨询专业律师，了解案件的具体情况和可能的管辖法院，以便更好地维护自身权益。
关注案件进展：在案件审理过程中，应密切关注案件的进展情况，包括管辖法院的确定、审理程序的进行等，以便及时采取应对措施。
遵守法律程序：在参与民事公益诉讼案件时，应严格遵守法律程序和相关规定，确保案件的合法性和有效性。
综上所述，民事公益诉讼案件在特定情况下是可以指定管辖的。这一制度旨在确保案件得到公正、高效的审理，保护社会公共利益不受侵犯。如果您在民事公益诉讼案件中遇到管辖问题或其他法律问题，可以直接向我咨询。