在民事案件中，指定管辖主要适用于以下几种情形：
有管辖权的人民法院因特殊原因不能行使管辖权：
- 这里的特殊原因既包括法律上的原因，如审判人员与案件有利害关系需要回避，导致法院无法组成合议庭进行审理；也包括事实上的原因，如自然灾害（地震、洪水等）、突发事件等，使得法院无法正常开展审判工作。在这些情况下，上级人民法院可以指定其他有管辖权的法院进行审理，以确保案件的正常进行。
人民法院之间因管辖权发生争议且协商不成：
- 当两个或多个人民法院对某一案件的管辖权产生争议时，它们应首先尝试通过协商解决。如果协商无果，那么这些法院应报请它们的共同上级人民法院指定管辖。这种情形下，指定管辖的法院级别会根据争议法院所属的地域和级别来确定，以确保管辖的公正性和合理性。
受移送的人民法院认为自己对移送的案件无管辖权：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，如果人民法院发现受理的案件不属于本院管辖范围，应当移送有管辖权的人民法院。然而，如果受移送的人民法院认为该案件并不属于其管辖范围，那么它不得再自行移送，而应报请上级人民法院指定管辖。这一规定旨在防止案件在法院之间的无限制移送，确保案件能够得到及时、有效的审理。
指定管辖的法律效果与实际操作：
- 一旦指定管辖确定，被指定的法院即取得对该案件的管辖权，原管辖法院则不再具有管辖权。这有助于确保案件的审理不会因管辖权问题而陷入僵局或延误。
- 指定管辖的目的是解决管辖权争议或特殊原因导致的无法行使管辖权的问题，从而确保案件的及时、公正审理。因此，在实际操作中，上级人民法院应根据案件的具体情况和实际需要，综合考虑各种因素，如案件的性质、复杂程度、当事人情况等，来指定合适的法院进行管辖。
举例说明：
假设A市甲区法院和乙区法院就一起合同纠纷案件的管辖权产生争议。双方均认为自己对案件有管辖权，且无法通过协商达成一致。此时，它们可以报请A市中级人民法院指定管辖。A市中级人民法院在审查相关材料后，会根据案件的具体情况和实际需要，指定其中一个法院（如甲区法院或乙区法院）来审理该案件。这样，案件就能得到及时、有效的审理，当事人的合法权益也能得到保障。
总结与建议：
指定管辖是民事诉讼中的一项重要制度，它能够有效解决管辖权争议和特殊原因导致的无法行使管辖权的问题。在实际应用中，各级人民法院应严格按照法律规定和实际情况进行指定管辖，以保障司法公正和效率。如果您在民事案件中遇到管辖权问题或需要指定管辖的帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。